Es ist der Beginn des Dritten Zeitalters der Menschheit, die Mitte des dreiundzwanzigsten Jahrhunderts. Die Menschheit ist nicht alleine im Universum. Hundert Jahre zuvor nahm die Menschheit den ersten Kontakt zu einer außerirdischen Zivilisation auf - oder um genau zu sein: sie nahmen mit uns Kontakt auf. Vor der Ankunft der Centauri waren wir in unser eigenes Sonnensystem eingesperrt und gezwungen, langsame Schlafschiffe zur Erforschung des Universums einzusetzen. Die Centauri gaben uns die Sterne, boten uns an, ihre "Sprungtore" - Portale in den Hyperraum - zu nutzen und später lehrten sie uns, unsere eigenen zu bauen. Im Austausch für diese und andere Technologie baten sie nur um billigen Schmuck und neumodischen Schnickschnack, den sie zu Hause verkaufen konnten. In den darauffolgenden achtzig Jahren erprobte die Menschheit ihre neuen Möglichkeiten und expandierte mit hoher Geschwindigkeit. Als eine weniger mächtige Rasse von einer Invasionsflotte angegriffen wurde, kam die Erde ihr zur Hilfe und festigte damit seine Rolle als eine entscheidende, wenn auch sehr junge, ungestüme Kraft in der Galaxis. Die Welle der Euphorie brach über der Menschheit zusammen, als sie einer mysteriösen Rasse, genannt Minbari, begegnete. Der Erd-Minbari-Krieg brach aufgrund eines Missverständnisses aus, weil ein Captain der Menschen und ein Kommandeur der Minbari zu schnell die Auslöser betätigten. Durch einen unglücklichen Umstand oder vielleicht einer dunklen Macht, starb bei diesem ersten Treffen mit den Minbari ihr oberster religiöser und politischer Führer. Was nun folgte, war für die Minbari ein heiliger Krieg, die Rache für die Ermordung ihres spirituellen Führers. Die Erdstreitkräfte waren kein ebenbürtiger Gegner für die technisch weit überlegenen Minbari und wurden leicht bis zu unserem Heimatplaneten zurückgeschlagen. Doch dann, als ihre Schiffe sich der Erde näherten und die letzten verzweifelten Verteidigungslinien durchbrochen hatten, stoppten die Minbari ihren Angriff und ergaben sich ohne weitere Erklärungen. Und nur eine kleine, ausgewählte Gruppe wusste warum. Das Babylon-Projekt wurde unter den Nachwirkung dieses Krieges ins Leben gerufen. Nach dem Vorbild der Vereinten Nationen sollte es ein Treffpunkt auf neutralem Territorium werden, wo sich die Mächtigen zusammensetzen und ihre Differenzen friedlich beilegen konnten. Die ersten drei Babylon-Stationen wurden noch während der Bauzeit sabotiert. Die vierte wurde zwar fertig, verschwand aber genau in dem Moment, als sie ihren Dienst beginnen sollte, spurlos. An diesem Punkt wollte die Erdregierung aufgeben, aber einige Regierungen der Außerirdischen, die den Wert eines neutralen Treffpunktes erkannten, boten finanzielle Hilfe bei der Konstruktion einer fünften Station an. Natürlich waren daran Bedingungen geknüpft. Babylon 5 ist die Geschichte dieser letzten der Babylon-Stationen, der letzten Hoffnung auf eine Galaxie ohne Krieg. Sie beginnt im Jahre 2257 mit der Eröffnung der Station Babylon 5.

Gut 100 Jahre nach Kirk's erster Mission nimmt eine neue Crew auf dem Flagschiff Enterprise NCC 1701-D die Erforschung des Weltraums auf. Der neue Captain Jean-Luc Picard stammt aus Frankreich von der Erde. Seine Mannschaft besteht aus dem Ersten Offizier Will Riker, der Sicherheitsoffizierin Tasha Yar, dem blinden Chefingenieur Jordi LaForge, der Schiffsärztin Dr. Beverly Crusher und ihrem Sohn Wesley. Für eine kurze Zeit wird Crusher von Dr. Katherine Pulaski vertreten und Tasha Yar wird durch den Klingonen Worf ersetzt. Ein besonderes Novum sind der Android und Wissenschaftsoffizier Data und die empathische Schiffspsychologin vom Planeten Betazed, Deanna Troi. Ihnen begegnen auf ihrer Reise neue Kreaturen, wie z.B. die kapitalistischen Ferengi, die todbringenden Borg und das Superwesen Q.