In den letzten Szenen von "Sharknado 5: Global Swarming" ist Fin der einzige Überlebende, nachdem die Erde durch die Sharknados zerstört wurde. Nun muss Fin in Sharknado 6 durch die Zeit reisen, um den Sharknado zu verhindern, mit dem alles begann. Werden Fin und sein Team es schaffen, die Ordnung wiederherzustellen und die Welt ein weiteres Mal zu retten?

Eigentlich soll April Wexler und Fin Sheperd ein angenehmer Urlaub bevorstehen, doch starker Wind und jede Menge Regen macht ihnen einen Strich durch die Rechnung. Was nun folgt, ist den beiden nur zu gut bekannt: Ein Tornado, in dem unzählig viele hungrige Haie lauern, zieht über das Land und schließt sich mit weiteren Wirbelstürmen dieser Art zusammen. Die ganze Ostküste der USA wird bedroht - von Washington bis Orlando. Der Hai-Sturm nähert sich dem Spring Break, wo sich Fins Kinder zu bebenden Beats mit zahlreichen anderen Feierwütigen amüsieren wollen. Für die bissigen Bestien gleicht das Party-Gelage einem Festschmaus und der Sturm nimmt Kurs auf Florida. Auch bei seinem dritten Aufeinandertreffen mit den vom Himmel fallenden Haien schwingt Fin wieder eine Kettensäge und bekommt diesmal unter anderem von seinem Vater Gilbert tatkräftige Unterstützung, denn dieser ist gar nicht gut auf die Biester zu sprechen, haben sie doch seinen Lebensgefährten auf dem Gewissen.

Der ehemalige Hausmeister Joe Dreck hat seine Geliebte Brandy geheiratet und wohnt jetzt mit ihr und den drei reizenden Töchtern in einem lauschigen Trailer Park. Beruflich hat er auf Holzfäller umgesattelt, doch zu seinem Bedauern nehmen ihn die Kollegen nicht wirklich ernst. Eines Tages tobt ein Tornado über die Gegend, und aufgrund einer Laune der Natur wird Dreck zurück katapultiert ins Jahr 1965. Dort fühlt er sich erst recht verloren, doch dann erkennt er, dass sein Wissen über die Zukunft ihn reich machen kann.