Bei einer Militäraktion gegen terroristische Rebellen im Dschungel Mittelamerikas soll eine neue Geheimwaffe erprobt werden: Solo, ein Android, der als perfekte Kampfmaschine konstruiert wurde. Doch der Auftrag schlägt fehl, da die Programmierung Solo verbietet, unschuldige Zivilisten zu gefährden. Als die Militärs Solo neu programmieren wollen, flieht dieser mit einem Hubschrauber in den Urwald. Als auch ein Spezialkommando den immer menschlicher handelnden Androiden nicht zurückholen kann, wird ihm ein skrupelloser Artgenosse auf die Spur gesetzt...

Es ist die Zeit, in der der Niedergang einer der ältesten und geheimnisvollsten Hochkulturen aller Zeiten bevorsteht: der Maya. Bis heute birgt diese Zeit offene Fragen und ungeklärte Geheimnisse. In Apocalypto skizziert Mel Gibson die Geschichte eines Mannes aus dem Volk der Maya, der in dieser Zeit um sein Leben kämpft. Nur die Liebe zu seiner Familie und zu seiner Frau gibt ihm die Kraft und den Mut zu bestehen.

Captain John Boyd wird nach dem Krieg in ein gottverlassenes Fort mitten in der Sierra Nevada versetzt. Hier leben außer ihm nur wenige Menschen, mit denen er sich aber mehr oder weniger anfreundet. Eines Tages finden sie einen Fremden mit dem Namen Colqhuon, der fast erfroren ist. Sie pflegen ihn wieder gesund, müssen dann aber feststellen, daß Colqhuon offensichtlich ein Kanibale ist. Das will ihm aber niemand glauben, und da sowohl alle Zeugen als auch der Fremde tot zu sein scheinen, geschieht auch nichts weiter - bis es eines Tages einen neuen Kommandanten gibt, der genau so aussieht, wie der mutmaßlich tote Menschenfresser.