Was macht einen wirklichen Piraten aus? Die Piraten - Ein Haufen merkwürdiger Typen klärt uns auf: Das erstrebenswerteste Ziel eines jeden Piraten ist es die begehrteste Trophäe zu ergattern und zum "Besten Piraten des Jahres" gekürt zu werden. Eine Ehrensache für den Piratenkapitän, der auf den Furcht einflößenden Namen Piratenkapitän hört. Doch die Konkurrenz ist groß dieses Jahr, denn gleich beide Erzrivalen, Black Bellamy und Cutlass Liz, wollen ihm den Titel streitig machen. Doch ein Pirat wie der Kapitän lässt sich nicht so schnell ins Bockshorn jagen. Also schart er seine Mannschaft, einen haufen merkwürdiger Typen, um sich und begibt sich von der idyllischen Blutinsel fort, kämpft mit Wind, Wetter und Widrigkeiten von der Größe eines gefräßigen Wales. Im fernen London gilt es sogar der ganz und gar unamüsierten KöniginVictoria die Stirn zu bieten. Ja, der Titel "Pirat des Jahres" will verdient sein.

Nachdem seine neueste Kreation versehentlich das Stadtzentrum zerstört undanschließend Richtung Himmel schießt, fürchtet Flint Lockwood zunächst, dass seine Erfinderkarriere hiermit beendet sei. Doch dann geschieht das Unglaubliche: Es regnet köstliche Cheeseburger - seine Maschine funktioniert! Aber die Menschen können von den Leckereien einfach nicht genug bekommen, bis der Apparat durchdreht und gigantische Spaghetti-Tornados mit riesigen Fleischbällchen auf die Erde loslässt. Mit Hilfe der Wetterreporterin Sam Sparks und seinem Assistenten Steve, einem sprechenden Affen, muss Flint eine Möglichkeit finden, die wildgewordene Maschine abzuschalten, bevor die Welt unter den megagroßen Fleischklößen begraben wird.

In ihrem neuen Abenteuer möchten Alex, Marty, Melman und Gloria die Insel Madagaskar, wo sie nach einer längeren Odyssee gestrandet waren, verlassen, und wieder zurück "nach Hause" in den Zoo im New Yorker Central Park. Die Pinguine machen ein altes Flugzeugwrack wieder flott und die Heimreise kann beginnen. Auch mit an Bord gehen die Schimpansen Mason und Phil sowie King Julien und sein Privatsekretär Maurice. Es glückt zwar der Start des mit Klebeband geflickten Flugzeugs, aber weiter als bis nach Afrika schaffen sie es nicht und landen mit einem harten Aufprall mitten in der Steppe. Alex und seine Freunde treffen diesmal nicht nur auf Artgenossen, sondern sogar auf die eigene Familie und geraten mitten in ein neues turbulent-witziges Abenteuer ...