Auf der Erde sind im 26. Jahrhundert 300 Jahre nach dem großen Krieg die gesellschaftlichen Systeme zerfallen. Bei seiner Suche nach Cyborg-Technologie rettet der mysteriöse Wissenschaftler Dr. Ido aus einem Schrotthaufen eine weibliche Cyborg. Er flickt die künstliche Frau, deren Körper bis auf ihr menschliches Gehirn aus Maschinenteilen besteht, wieder zusammen, und wird zu einer Art Ersatzvater für sie. Doch Alita ist ein gefährliches Wesen. Sie kann sich nicht erinnern, wer sie ist oder woher sie kommt. Dr. Ido jedoch glaubt, dass sie diejenige ist, die den Kreislauf von Tod und Zerstörung, der von Tiphares zurückgelassen wurde, durchbrechen kann. Um ihrer wahren Bestimmung zu folgen, muss Alita kämpfen und töten. Als ein Geschenk des Himmels ist sie doch auch ein Engel des Todes.

Eine Gruppe von Forschern entdeckt in einer heiligen Grabstätte im tiefen Dschungel des Amazonas einen geheimnisvollen magischen Dolch und nimmt ihn an sich. Doch damit erwecken sie auch dessen Hüter, eine blutrünstige Kreatur halb Pflanze, halb Tier. Kurz darauf verschwinden die Mitglieder der Expedition einer nach dem anderen in den Tiefen des Urwalds. Den Forschern bleibt nur noch wenig Zeit, denn das Monster wird nicht stoppen, bevor es den Dolch zurück und alle Eindringlinge getötet hat.