Die geschiedene Johanna will mit ihrem neuen Freund Klaus zusammenziehen, als sie völlig unerwartet ihrer großen Ex-Liebe Walter wiederbegegnet. Vor zwanzig Jahren ist der renommierte Literaturprofessor in die USA ausgewandert und nun erstmals wieder in seine Heimat zurückgekehrt. Johanna hatte sich damals auf einen Seitensprung mit Walter eingelassen und weiß bis heute nicht, ob ihre Tochter Marie, mit der sie daraufhin schwanger wurde, von ihm oder ihrem früheren Ehemann ist. Als Marie sich ausgerechnet in Walters Sohn Tom verliebt, wird es höchste Zeit, dies herauszufinden.

1638 brechen Pater Sebastião Rodrigues und Pater Francisco Garrpe von Portugal ins für die westliche Welt völlig abgeschottete Japan auf, um der Wahrheit hinter den undenkbaren Gerüchten nachzugehen, dass ihr berühmter Lehrer Cristóvão Ferreira seinem Glauben abgeschworen habe. Nach ihrer Ankunft erleben sie die brutale und unmenschliche Verfolgung der Christen durch die japanischen Machthaber. Angesichts der Ereignisse in einer Gesellschaft, die keine Toleranz kennt und in der der Tod an der Tagesordnung ist, stellt sich Sebastião auf seiner Reise durch das von der Gewaltherrschaft der Shogune zerrissene Land die immerwährende Frage: Wie kann Gott zu all dem schweigen?