Obwohl sie kaum unterschiedlicher sein könnten, sind Charlie und Dan seit der Schule beste Freunde. Doch nicht nur privat ergänzen sich Frauenheld Charlie und Perfektionist Dan großartig. Gemeinsam haben sie nach der Schule eine erfolgreiche Sportmarketing-Agentur aufgebaut. Nun stehen sie kurz vor dem Abschluss eines großen Deals mit einem japanischen Großkonzern, was der Höhepunkt ihrer Karriere werden soll.Doch dann platzt plötzlich Vicki zum zweiten Mal in Dans Leben. Das erste Mal war vor sieben Jahren auf einem Florida-Trip, auf den Dan direkt nach seiner Scheidung von Charlie geschleift wurde. Ihre Begegnung in Florida dauerte jedoch nur wenige Stunden. Das reichte gerade mal dazu, sich zu betrinken, zu heiraten und nach dem bösen Erwachen die Ehe wieder annullieren zu lassen. Und - wie Dan jetzt erfahren muß - um Zwillinge zu zeugen.

In ihrem neuen Abenteuer möchten Alex, Marty, Melman und Gloria die Insel Madagaskar, wo sie nach einer längeren Odyssee gestrandet waren, verlassen, und wieder zurück "nach Hause" in den Zoo im New Yorker Central Park. Die Pinguine machen ein altes Flugzeugwrack wieder flott und die Heimreise kann beginnen. Auch mit an Bord gehen die Schimpansen Mason und Phil sowie King Julien und sein Privatsekretär Maurice. Es glückt zwar der Start des mit Klebeband geflickten Flugzeugs, aber weiter als bis nach Afrika schaffen sie es nicht und landen mit einem harten Aufprall mitten in der Steppe. Alex und seine Freunde treffen diesmal nicht nur auf Artgenossen, sondern sogar auf die eigene Familie und geraten mitten in ein neues turbulent-witziges Abenteuer ...