Der Hacker Neo wird übers Internet von einer geheimnisvollen Untergrund-Organisation kontaktiert. Der Kopf der Gruppe - der gesuchte Terrorist Morpheus - weiht ihn in ein entsetzliches Geheimnis ein: Die Realität, wie wir sie erleben, ist nur eine Scheinwelt. In Wahrheit werden die Menschen längst von einer unheimlichen virtuellen Macht beherrscht - der "Matrix", deren Agenten Neo bereits im Visier haben...

In den Vereinigten Staaten der Zukunft ist es verboten mehr als ein Baby zu bekommen. John und Karen Brennick versuchen aus diesem Grund über die Grenze nach Mexiko zu flüchten, denn: Karen ist mit ihrem zweiten Kind schwanger. Sie werden entdeckt und inhaftiert. Das Gefängnis ist eine, unter der Erde errichtete, hochmoderne Verwahrungsanstalt, in der die Gefangenen mit Lasern, Kameras, Gedankenscannern und anderen Methoden kontrolliert werden. Die Kinder, die in Gefangenschaft geboren werden, werden dem High-Tech-Unternehmen MenTel für die Erschaffung von Cyborgs zur Verfügung gestellt. John und Karen wollen diesem Schicksal entgehen und planen eine gewagte Flucht. Doch der sadistische Gefängnisdirektor Poe hat sein Auge auf die attraktive Karen geworfen, was die Flucht zusätzlich erschweren könnte.