Die Veröffentlichung eines "Heilmittels" für Mutanten schreckt die bisher friedlich mit den Menschen lebende Gesellschaft auf. Magneto nimmt das zum Anlaß einen Kriegszug gegen die Menschen zu führen, um endlich die Herrschaft zu erlangen. Doch die X-Men um Professor Xavier versuchen dem Treiben ein Ende zu bereiten, das Gleichgewicht und den Frieden wieder herzustellen.

Beim Versuch in das Unterbewusstsein des Industriellen Saito einzudringen, stoßen Cobb und seine Mitstreiter auf unerwartete Schwierigkeiten. Saito hatte Verteidigungsstrategien gegen den Gedankendiebstahl trainiert und baut nun einen Abwehrriegel auf, doch erst der Verrat eines Kollegen lässt den Versuch scheitern, dem Schlafenden Geheimnisse zu entlocken. Da seine Auftraggeber unbedingten Erfolg gefordert hatten, muss Cobb, der auf Grund einer drohenden Verurteilung nicht mehr in die USA zurück kann, fliehen, doch Saito kommt ihm zuvor. Allerdings nicht um ihn zu bestrafen, sondern um ihm einen Deal vorzuschlagen.

Beim Versuch in das Unterbewusstsein des Industriellen Saito einzudringen, stoßen Cobb und seine Mitstreiter auf unerwartete Schwierigkeiten. Saito hatte Verteidigungsstrategien gegen den Gedankendiebstahl trainiert und baut nun einen Abwehrriegel auf, doch erst der Verrat eines Kollegen lässt den Versuch scheitern, dem Schlafenden Geheimnisse zu entlocken. Da seine Auftraggeber unbedingten Erfolg gefordert hatten, muss Cobb, der auf Grund einer drohenden Verurteilung nicht mehr in die USA zurück kann, fliehen, doch Saito kommt ihm zuvor. Allerdings nicht um ihn zu bestrafen, sondern um ihm einen Deal vorzuschlagen.

Einige Jahre nachdem ein fürchterlicher Virus ausbrach und einen Großteil der Menschheit in blutdürstige Zombies verwandelt hat, finden Wissenschaftler endlich ein Gegenmittel gegen die Seuche. Senan (Sam Keeley) wird geheilt: Er darf nach Hause zurückkehren und zieht zu seiner Schwägerin Abbie (Ellen Page) und ihrem kleinen Sohn. Doch nicht alle Geheilten werden mit offenen Armen empfangen. Viele der überlebenden Menschen können den ehemals Infizierten ihre grausamen Taten nicht verzeihen. Die Gesellschaft spaltet sich in Nicht-Infizierte, Infizierte und Geheilte, und die fragile neue Welt wird erneut ins Chaos gestürzt ...