In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully - nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt - versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation "Das Syndikat" die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran...

Rayford Steele ist ein erfahrener Pilot, doch auch er kann die Maschine nicht mehr steuern, als es bei einem scheinbaren Routineflug zu ausgeprägten Turbulenzen kommt. Mit großer Not bekommt er das Flugzeug in den Griff, doch auf dem Boden ist derweil die Hölle losgebrochen: Ein infernalisches Erdbeben stürzt die Erde in Dunkelheit und die Menschen verfallen in grenzenlose Panik. Als sich die Lage beruhigt, realisieren sie, dass alle Gläubigen und Kinder verschwunden sind - auch Rayfords Ehefrau ist plötzlich weg, wie er von seiner Tochter mitgeteilt bekommt. Die Übriggebliebenen, die "Ungläubigen", verursachen derweil massives Chaos. Nun ist es an Rayford, den Kampf über den Wolken aufzunehmen und die Verantwortung für die Leben seiner vielen Passagiere zu übernehmen - und nicht nur für diese, denn bei den Vorgängen scheint eine höhere Macht im Spiel zu sein und der Pilot fürchtet um die Seelen aller übrigen Erdenbewohner.

Ein internationaler Flottenverband aus fünf Kriegsschiffen führt gerade eine Übung im pazifischen Ozean durch. Admiral Shane erblickt während eines Manövers ein metallenes Gebilde, das sich bei näherer Betrachtung als außerirdisches Raumschiff entpuppt, das aus dem Wasser ragt. Die Militärs reagieren mit großer Neugier auf das unbekannte Objekt. Als sich die ersten Offiziere dem gewaltigen Raumschiff nähern, erwecken sie es zum Leben. Admiral Shane und sein Schwiegersohn in spe, Alex Hopper, gehen auf Angriffskurs und stellen sich den ungebetenen Gästen in die Quere. Doch die entfesselte Seeschlacht ist nur der Anfang. Denn die Aliens, "Regents" genannt, wollen eine gewaltige Energiequelle auf dem Meer errichten - und die Menschheit scheint ihnen dabei im Weg zu stehen...