Mogadischu 1993: Der machthungrige Clan-Chef Mohamed Aidid regiert mit Hilfe seiner Terror-Milizen das darbende Somalia und scheut auch nicht davor zurück, die UNO-Truppen anzugreifen. Um den Machtapparat des Despoten zu schwächen, entführen US-Einheiten dessen wichtigste Männer. Doch der Einsatz mündet in einer Katastrophe, als am 3. Oktober 1993 zwei Hubschrauber abgeschossen werden und rund 100 versprengte amerikanische Soldaten in den Häuserschluchten festsitzen. Was als kurzes Kommandounternehmen geplant war, entwickelt sich zu einem langen und blutigen Feuergefecht und endet in der größten amerikanischen Militärkatastrophe seit Vietnam.

Der Archäologe Dr.Henry Jones wird, nachdem er von seinem französischen Kollegen Belloq nach einer Bergung aus einem Aztekengrab hereingelegt wurde, von Regierungsagenten auf die Bundeslade angesetzt, das Behältnis in dem Moses' Gesetzestafeln aufbewahrt wurden.Laut Geheiminformationen suchen die Nazis nach der Lade, da sie den Besitzer unbesiegbar machen soll. Jones, genannt Indiana Jones, reist daraufhin nach Nepal, wo er einen alten Kollegen aufspüren will, jedoch nur dessen Tochter findet, die sich an ihn ranhängt. Ein altes Schmuckstück führt sie nach Ägypten, wo die Nazis mit Belloqs Hilfe bereits Ausgrabungen vornehmen. So kommt es zum Wettlauf um die Auffindung der Quelle der Seelen, wo die Lade stehen soll. Doch auch nachdem die Lade aus der schlangenverseuchten Quelle geborgen ist, ist das Spiel noch lange nicht vorbei....