In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully - nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt - versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation "Das Syndikat" die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran...

Ein riesiger Kubus, bis zum Rand gefüllt mit feindlichen Robotern, ist auf der Erde gelandet. Die Menschheit kann den technisch überlegenen Gegnern nichts entgegensetzen und wird kurzerhand weggesperrt. Jeder Mensch wird mit einem elektronischen Implantat versehen, das den Roboter-Patrouillen mitteilt, wenn jemand sein Haus verlässt. Nach einem kurzen Countdown wird der Freigänger bei lebendigem Leib verbrannt. Eine Gruppe Jugendlicher in einer Kleinstadt im von Robotern besetzten Großbritannien scheint die einzige Hoffnung der Menschen zu sein, sich der maschinellen Bedrohung zu widersetzen. Allen voran ein Teenager (Callan McAuliffe) bietet den Robotern mit seinen übernatürlichen Fähigkeiten die Stirn.

FBI-Agentin Monica Bannan wurde entführt, möglicherweise sogar getötet. Ihre Kollegin Dakota Whitney stößt bei den Ermittlungen auf Probleme. Pater Joseph Crissman, dem ein Ruf als Pädophiler anhaftet, bietet eine heiße Spur, spricht aber von geheimnisvollen Visionen - die Bundesbehörden werden misstrauisch. Obwohl ihr Partner Mosley Drummy dagegen ist, greift Whitney zu einem letzten Strohhalm und versucht über Ex-Agentin Dana Scully, mittlerweile in einem Krankenhaus beschäftigt, Fox Mulder zu erreichen. Der Spezialist für Übersinnliches ist sechs Jahre nach seinem unglücklichen Ausscheiden beim FBI untergetaucht. Er zögert kurz, willigt schließlich aber ein und gewinnt schnell das Vertrauen von Pater Crissman. Dann verschwindet eine zweite Frau ...