Johnathan ist schon von acht Internaten geflogen. Als er in Bamberg ins Internat kommt, nimmt sich der Internatsleiter Justus seiner an. Und auch die Jungs aus seinem Schlafsaal werden schnell seine Freunde der besonnene Martin und der schmächtige Uli ebenso wie der experimentierfreudige Kreuzkamm junior und der stets hungrige Kraftprotz Matz, Dei vier zeigen Jonathan ihren Geheimtreff, einen alten Eisenbahnwaggon auf einem Brachgrundstück, als sie von einem mysteriösen Mann, dem "Nichtraucher" überrascht werden, der ebenfalls einen Schlüssel zu ihrem Eisenbahnwaggon besitzt ... Der "Nichtraucher ist aber nicht der einzige, der Jonathan und seine Freund in Atem hält. Da gibt es auch noch die Externen, mit denen die Internatsschüler ständig im Clinch liegen und deren hübsche Bandenchefin Mona. Und schließlich ist da noch der Text zu einem Theaterstück namens "Das fliegende Klassenzimmer", den die Jungs zufällig im Eisenbahnwaggon gefunden haben..

Der zehnjährige Bastian, ein Träumer und Bücherwurm, wird in der Schule immer wieder von seinen Mitschülern gequält. Als er eines Tages auf der Flucht in einem Antiquariat ein Buch namens "Die unendliche Geschichte" sieht, stiehlt er es, versteckt sich auf dem Dachboden seiner Schule und beginnt zu lesen: Das Land Phantasien wird von einem alles verschlingenden Nichts bedroht. Die Herrscherin von Phantasien, die kindliche Kaiserin, wählt den jungen Atreju aus, um nach einer Rettung zu suchen. Sein Weg führt ihn durch das Land der menschlichen Phantasie, doch er scheint seinem Ziel kaum näher zu kommen. Doch während er noch liest, fühlt Bastian plötzlich eine Verbindung zu Atreju und die Erkenntnis naht, dass er die Rettung des Landes sein könnte ...