Die Veröffentlichung eines "Heilmittels" für Mutanten schreckt die bisher friedlich mit den Menschen lebende Gesellschaft auf. Magneto nimmt das zum Anlaß einen Kriegszug gegen die Menschen zu führen, um endlich die Herrschaft zu erlangen. Doch die X-Men um Professor Xavier versuchen dem Treiben ein Ende zu bereiten, das Gleichgewicht und den Frieden wieder herzustellen.

Die Ausreißerin Rogue, die aufgrund ihrer wachsenden Mutantenkräfte, nämlich die Fähigkeit, durch Berührung die Persönlichkeiten, Erinnerungen und Kräfte anderer Menschen kurzzeitig zu absorbieren, von zu Hause weggelaufen ist, trifft bei ihrer Flucht in Kanada auf den Einzelgänger Logan, der geschärfte Sinne und die Fähigkeit besitzt, eigene Verletzungen in Sekunden zu heilen. Dazu ist sein Skelett vollständig mit einem schier unzerstörbarem Metall (Adamantium) überzogen und mit sechs ausfahrbaren Klauen bewaffnet; Logan kann sich aber nicht erinnern, wann und wo sein Skelett derart behandelt worden ist, noch hat er irgendeine Erinnerung an seine eigene Vergangenheit.

Nachdem viele der X-Men gestorben sind und die Allianz der Kämpfer mit den übernatürlichen Kräften aufgelöst wurde, befindet sich Logan aka Wolverine in einer Situation, in der er von der Verantwortung gegenüber seinem alten Team entbunden ist. Auf der Suche nach einem Grund zu leben, begibt er sich in das moderne Japan. Dort trifft er sowohl ihm gut und schlecht gesonnene Menschen und muss sich fragen, wem er trauen kann. Neben Feinden wie Industriellen, Politikern, Frauen und Ninjas trifft er auch auf seinen Erzfeind: Kenuichio Harada, besser bekannt als Silver Samurai. Als Mutant kann er verschiedene Stoffe mit Energie beladen und so mit seinem Samurai-Stahl jede Materie durchdringen. Wolverine entdeckt zum ersten Mal, dass es etwas gibt, das ihn verwundbar macht und stößt an seine körperlichen und emotionalen Grenzen. In einem seiner schwierigsten Kämpfe stellt er sich seiner eigenen Unsterblichkeit.

Als P.T. Barnum seine Arbeit verliert, treiben ihn und seine Frau Charity Existenzsorgen um. Doch dann hat der zweifache Vater Barnum eine Geschäftsidee: Er gründet ein Kuriositätenkabinett, für das er unter anderem eine bärtige Frau und einen kleinwüchsigen Mann anheuert. Doch er will seinen zahlenden Gästen nicht nur Kurioses bieten, sondern auch eine atemberaubende Show mit Akrobaten wie der Trapezkünstlerin Anne Wheeler und spektakulären Tänzern. Gleichzeitig sehnt Barnum sich nach dem Respekt der feinen Gesellschaft, die hochnäsig auf seinen Zirkus herabsieht. Er tut sich daher mit dem seriösen Theatermacher Phillip Carlyle zusammen und als er bei einer königlichen Audienz der schwedischen Opernsängerin Jenny Lind begegnet, wittert er die Chance darauf, endlich auch in der High Society und in der Kunstszene ernstgenommen zu werden. Er geht mit Jenny auf Amerika-Tournee...

Im Jahre 2020 werden die Menschen im Boxring durch Roboter ersetzt. Abseits der offiziellen Liga nimmt Charlie Kenton, früher selbst ein aktiver Boxer, als Trainer an privat organisierten Roboterkämpfen teil; dies jedoch nur mit mäßigem Erfolg. Nach einem verlorenen Kampf erfährt er, dass seine ehemalige Freundin verstorben ist und sein Sohn Max, um den er sich bis zu diesem Zeitpunkt nie wirklich gekümmert hat, nun einen neuen Vormund braucht. Im Zuge eines Gerichtstermins "verkauft" er seine ihm rechtlich zustehende Vormundschaft für 100.000 Dollar an die Familie der Schwester seiner Frau. Teil des Deals ist jedoch, dass er die Sommerferien mit seinem Sohn verbringt. Sie finden den Sparrings Roboter Atom auf der Müllhalde. Die etwas andere Boxkarriere beginnt.

Der Motor für das Fortbestehen einer Art ist die Mutation, die unter bestimmten sich ändernden Umweltbedingungen sich von größtem Vorteil erweist. Noch sah sich immer der Mensch, der Homo sapiens, als die Krone der Schöpfung. Doch nun - mit dem Auftritt der Mutanten - sehen sich die Menschen in ihrer Alleinstellung bedroht vom Homo sapiens superior. Und tatsächlich sollen sie von ihrem Thron gestürzt werden. Denn keiner Vertritt mehr die Maxime des Survival of the Fittest als Apocalypse, der erste der Mutanten. Doch Apocalypse ist wenig zimperlich im Kampf ums Überleben, auch Mutanten, die Schwäche zeigen, müssen ausgetilgt und vernichtet werden. Und so müssen die Menschen und die Mutanten um Professor Xavier und Magneto Seite an Seite stehen, um gegen Apocalypse und seinen Selektionsdruck eine Chance zu haben.