Um das dunkle Kapitel seiner Vergangenheit endlich auszulöschen, muss Jason Bourne sich dieser stellen. Das Projekt, welches ihn erschuf, wird auch weiterhin illegal fortgesetzt. Bourne macht sich daran, den Mord an seiner Freundin zu rächen. Unterstützt wird er dabei von Nicki, einer ehemaligen Agentin und der CIA-Agentin Landy. Doch auch der CIA-Chef Vosen hat seine Killer schon auf Bourne angesetzt, damit alle Gefahren für die Weiterführung des Projekts beseitigt werden.

2003 im Irak: Kurz nach der Eroberung Bagdads durch die USA rückt der US-Armee-Offizier Roy Miller mit seinem Team an, um die besetzten Gebiete zu kontrollieren. Diese abgesicherte "Green Zone" müssen sie bald darauf verlassen, um einer Spur nachzugehen, die sie zu Massenvernichtungswaffen führen soll. Doch die Fährte führt in eine Sackgasse: Sie stoßen nur auf Sprengfallen. Nach und nach stellt Roy Miller mit sein Team fest, dass sie nur Marionetten in einer ausgefeilten Verschwörung sind.