1638 brechen Pater Sebastião Rodrigues und Pater Francisco Garrpe von Portugal ins für die westliche Welt völlig abgeschottete Japan auf, um der Wahrheit hinter den undenkbaren Gerüchten nachzugehen, dass ihr berühmter Lehrer Cristóvão Ferreira seinem Glauben abgeschworen habe. Nach ihrer Ankunft erleben sie die brutale und unmenschliche Verfolgung der Christen durch die japanischen Machthaber. Angesichts der Ereignisse in einer Gesellschaft, die keine Toleranz kennt und in der der Tod an der Tagesordnung ist, stellt sich Sebastião auf seiner Reise durch das von der Gewaltherrschaft der Shogune zerrissene Land die immerwährende Frage: Wie kann Gott zu all dem schweigen?

Der bösartige Schwertkämpfer Makoto Shishio (Tatsuya Fujiwara) will Japan in die Katastrophe stürzen. Er verfolgt den radikalen Plan, die Meiji-Regierung in Kyoto zu stürzen und kann sich auf seinem blutigen Streifzug durch die politische Vertikale auf seine außerordentlichen Fähigkeiten als Meister der Schwertkunst verlassen. Das Land hat nur eine Hoffnung: Kenshin Himura (Takeru Satô). Der hat aber geschworen, nie wieder zum Schwert zu greifen. Als jedoch auch er merkt, dass die Situation in Japan zunehmend außer Kontrolle gerät, zwingen ihn die Aktionen Makoto Shishios dazu, sich gegen seinen Schwur und die Einwände seiner Freundin (Hiroko Yashiki) zu entscheiden und wieder zum Schwert zu greifen. Das Schicksal Japans wird im Kampf zwischen Makoto Shishio und Kenshin Himura entschieden.