Der junge Professor Charles Xavier, in seinen Zwanzigern, mit üppiger Haarpracht und zu Beginn des Films noch nicht im Rollstuhl, studiert in Oxford und trifft auf den gleichaltrigen Erik Lensherr. Beide sind Mutanten mit außergewöhnlichen Fähigkeiten. Gemeinsam erdenken sie eine Zukunft, in der Mutanten und Menschen vereint leben können. Als das Wohl der Welt auf dem Spiel steht, kämpfen sie mit vereinten Kräften und der Hilfe von anderen Mutanten gegen die drohende Gefahr des Hellfire Clubs mit Emma Frost und Sebastian Shaw. Erst im Laufe dieses Kampfes werden die beiden zu den Todfeinden der vorherigen Filme.

Ein großangelegter Juwelendiebstahl während der Filmfestspiele von Cannes läuft nicht so ab wie geplant - doch Laure, ein Mitglied der Verbrecherbande, kann mit der wertvollen Beute entkommen. Ihr Versuch, ihre Gangster-Kollegen zu betrügen und allein vom Raub zu profitieren, scheint aber fehlzuschlagen: einer von ihnen, Racine, spürt sie in ihrem Hotel auf und wirft sie nach einer heftigen Auseinandersetzung einfach über das Treppenhaus-Geländer. Zwar war man in einem der oberen Stockwerke zugange, doch Laure stirbt nicht - stattdessen erwacht sie in einer fremden Wohnung, wo ein altes Ehepaar sich um sie kümmert. Offensichtlich verwechselt es sie mit seiner Tochter - und deren Rolle nimmt Laure bald ein, nachdem sie den Selbstmord der Tochter beobachten mußte. Sie steigt in ein Flugzeug nach Amerika, lernt einen aufstrebenden Politiker kennen - und ist ihrer Vergangenheit, der Kriminalität und Verfolgung, endlich entflohen. So scheint es zumindest...

Die Ausreißerin Rogue, die aufgrund ihrer wachsenden Mutantenkräfte, nämlich die Fähigkeit, durch Berührung die Persönlichkeiten, Erinnerungen und Kräfte anderer Menschen kurzzeitig zu absorbieren, von zu Hause weggelaufen ist, trifft bei ihrer Flucht in Kanada auf den Einzelgänger Logan, der geschärfte Sinne und die Fähigkeit besitzt, eigene Verletzungen in Sekunden zu heilen. Dazu ist sein Skelett vollständig mit einem schier unzerstörbarem Metall (Adamantium) überzogen und mit sechs ausfahrbaren Klauen bewaffnet; Logan kann sich aber nicht erinnern, wann und wo sein Skelett derart behandelt worden ist, noch hat er irgendeine Erinnerung an seine eigene Vergangenheit.

Die Familie Duncan könnte glücklicher nicht sein. Vater Paul bekommt eine besser bezahlte Lehrerstelle in der Vorstadt angeboten und seine Frau Jessie ist als Fotografin beruflich erfolgreich. Ihr größtes Glück ist jedoch Sohn Adam, der gerade seinen achten Geburtstag feiert. Doch dann soll das Schicksal hart zuschlagen: Adam kommt bei einem tragischen Unfall ums Leben, der kleine Junge wird von einem Auto überfahren. Ohnmächtig vor Schmerz können die Duncans den Verlust kaum ertragen. Nach der Beerdigung taucht ein ehemaliger Universitäts-Professor von Jessie auf. Richard Wells macht Paul und Jessie ein unmoralisches Angebot. Er ist ein führender Experte auf dem Gebiet der Klonforschung und bietet den beiden an, ihren Sohn Adam zu klonen.

Mitch Weaver und Sam McKenna sind seit der Kindheit befreundet. McKennas Vater benötigt eine Herztransplantation, der behandelnde Arzt Dr. Farthing verlangt jedoch 50.000 Dollar für einen Platz auf der Warteliste. Weaver verliert eine Arbeit nach der anderen; seine Freundin verlässt ihn. Daraufhin beschließen Weaver und McKenna, für zahlende Auftraggeber Racheakte auszuüben. Im Auftrag des Immobilienunternehmers Travis Cole zerstören die Freunde ein Gebäude. Sie werden von Cole um die Bezahlung betrogen, worauf sie sich an ihm rächen, indem sie die von Cole gesponserte Galaveranstaltung in der Oper sabotieren. Cole fürchtet weitere Imageschäden und willigt ein, 50.000 Dollar zu zahlen. Er wird später festgenommen. Weaver findet eine neue Freundin, Kathy. Dr. Farthing wird von seinen Gläubigern zum Tode verprügelt.