Die Veröffentlichung eines "Heilmittels" für Mutanten schreckt die bisher friedlich mit den Menschen lebende Gesellschaft auf. Magneto nimmt das zum Anlaß einen Kriegszug gegen die Menschen zu führen, um endlich die Herrschaft zu erlangen. Doch die X-Men um Professor Xavier versuchen dem Treiben ein Ende zu bereiten, das Gleichgewicht und den Frieden wieder herzustellen.

Nachdem Jason Bourne in den vorangegangenen drei Teilen nicht nur sein Gedächtnis, sondern auch seine Freundin verloren hat und einen eigenen Feldzug gegen die ihn jagende CIA antrat, um endlich hinter das Geheimnis seiner Vergangenheit zu gelangen, ist er mithilfe von Nicki Parsons untergetaucht. Doch das Leben eines auf der Flucht lebenden Agenten mit besonders modifizierten Fähigkeiten kann nie lange ruhig bleiben. Denn inzwischen weiß Jason Bourne zwar, wer er ist, aber nicht, was diejenigen, die ihn erschaffen hatten, mit ihm vorhatten. Also versucht er - verfolgt von der CIA - die versteckten Wahrheiten in seiner Vergangenheit zu finden.