Außerirdische nisten sich in den Körpern der Lehrer der Herrington High School ein, um so als Brückenkopf für die bevorstehende Invasion zu dienen. Einzig sechs Schüler stellen sich der feindlichen Macht zum Kampf. Während die Schule nach und nach von den Aliens in Menschengestalt übernommen wird, sucht das Sextett verzweifelt nach deren drahtziehenden Königin. Doch auch die tapferen Kids sind nicht immun gegen die bösartige Infektion aus dem All. Schließlich weiß keiner mehr, wem er noch trauen kann. Das Ende der Welt scheint nahe...

Euphorisiert vom Comeback und den Plänen ihres Managers Fieslinger begeben sich die Muppets auf Europatour. Sie ahnen nicht, dass ihr liebenswerter grüner Anführer durch den gefährlichsten Froschgangster der Welt ersetzt wurde. Während der russische Doppelgänger mit Fieslinger Raubzüge in Europas Metropolen durchführt, landet Kermit im sibirischen Gulag. Doch auch hier findet Kermit neue Freunde, während einige seiner alten von den Muppets zunehmend misstrauisch über den anderen, plötzlich sehr sonderbaren Kermit werden.