Das heruntergekommene Hotel El Royal an einem Abend in den Sechzigern: Es ist ein merkwürdiger Haufen an Leuten, den der Concierge Mike Miller heute in Empfang nimmt, bestehend aus dem Priester Daniel Flynn, der Sängerin Darlene Sweet, dem Staubsaugervertreter Laramie Seymour Sullivan und einer mysteriösen Unbekannten. Jeder dieser Gäste merkt, dass etwas im Hotel ganz und gar nicht stimmt. Ein Zimmer wurde mit Abhörgeräten geradezu überhäuft, die Zimmerbewohner können außerdem ganz einfach beobachtet werden und der Priester schüttet Darlene etwas in ihr Getränk. Als dann auch noch der Sektenführer Billy Lee anreist, ist endgültig klar, dass alles andere als eine normale Nacht im El Royal bevorsteht...

In einer einsamen Bergbaustadt ist das Leben nicht aufregend, besonders wenn auch die Wirtschaftskrise nicht an der Stadtgrenze Halt macht und die Gemeinde somit schleichenden Schrittes zu Grunde geht. Doch dann passieren merkwürdige Dinge und die Bevölkerung wird in helle Aufregung versetzt, als plötzlich nach und nach die Kinder der Stadt verschwinden. Es hält sich das Gerücht unter den Einwohnern, dass die Kleinen von einem unheimlichen Wesen entführt wurden, welche sie nur den "Tall Man" nennen. Julia Denning steht der Sache jedoch skeptisch gegenüber und mag nicht an übernatürliche Wesen oder dergleichen glauben. Doch auf einmal ist auch sie selbst betroffen, als ihr kleiner Sohn David eines Nachts spurlos verschwindet. Die Krankenschwester ist völlig fassungslos, setzt aber alles daran ihr Kind zu befreien. Und durchlebt dabei den schlimmsten Albtraum, den man sich nur vorstellen kann...

Im Zentrum stehen die FBI-Agenten Dana Katherine Scully und Fox William Mulder die unter ihrem Vorgesetzten FBI Assistant Director Walter Skinner mysteriöse Fälle aufklären sollen. Obwohl die Ansichten der wissenschaftlich arbeitenden Scully und des intuitiv ermittelnden Mulder oft weit auseinander gehen, bilden sie ein hervorragendes Team. Gemeinsam ergründen sie paranormale wie auch außerirdische Aktivitäten. Dabei geraten sie immer tiefer in einen Strudel aus Verschwörungen, in dem das FBI und die amerikanische Regierung eine entscheidende Rolle zu spielen scheinen...

Als sich ein Tornado in Plymouth Rock mit Steinen vollsaugt und Kurs auf Boston nimmt, bricht in der Stadt Chaos aus. Es regnet riesige Brocken Gestein vom Himmel, die die ganze Stadt in Schutt und Asche zu legen drohen. Mitten im Unwetter findet sich der ehemalige und nach dem Tod seiner Frau traumatisierte Highschool-Physik-Lehrer Joe wieder, der sich mit dem Freizeitsturmjäger Lee und seiner Schwester Maddy zusammen getan hat, um seine Kinder Megan und Jackson zu retten. Diese haben Zuflucht in einem vom Sturm eingeschlossen Sportstadion gesucht. Schnell ist es Joe klar, dass nur eine sehr riskante, bisher erst experimentell erprobte Methode zur Wettermanipulation die 'Stonados' stoppen könnte...