James Howlett verfügt über die seltene Gabe, sich in Wolverine verwandeln zu können. Er ist nicht der einzige, in dem übermenschliche Kräfte stecken. Auch Victor Creed alias Sabretooth hat sie. Beide verbindet eine enge Beziehung, bis Wolverines Freundin durch Victor umkommt. Fortan ist er auf Rache aus und tritt dem Weapon X-Programm bei, um eine lebende Waffe zu werden. Dort lernt er weitere Mutanten kennen.

2012 endet nach dem Kalender der Maya ein Zeitalter und die bekannte Welt wird in einer Katastrophe untergehen. Während Experten nach einem Ausweg suchen und die US-Regierung bereits einen geheimen Plan für die Rettung eines Teils der Menschheit erstellt, sind sich normale Bürger wie Jackson Curtis der nahenden Naturkatastrophe nicht bewusst. Die Begegnung mit dem Wissenschaftler Charlie Frost, der die Anzeichen für das bevorstehende Weltende dokumentiert, nimmt Curtis zunächst nicht ernst. Doch schon bald mehren sich die Vorzeichen und Curtis wird klar, dass ein wenig aussichtsreicher Kampf ums Überleben begonnen hat.

Eine gewaltige außerirdische Armee bedroht die Existenz der Erde. Die Invasion beginnt mit dem Auftauchen gigantischer Raumschiffe, die sich über den wichtigsten Zentren der Welt positionieren. Die bedrohliche Faszination schlägt schnell in unvorstellbare Panik um, als die Raumschiffe angreifen und bedingungslos zerstören. Nun liegt das Schicksal der Menschheit in den Händen der wenigen Überlebenden, die sich für den alles entscheidenden Kampf gegen die Invasoren bereit machen...