Spock ist tot! Die Stimmung unter seinen früheren Freunden ist entsprechend gedrückt. Auch Pille nimmt sich den Tod seines liebsten Diskussionspartners schwer zu Herzen, trotzdem verwundert es Kirk sehr, als er ihn in Spocks Kabine ertappt und ausgerechnet er sich genauso wie der tote Vulkanier benimmt. Kirk erfährt von Spocks Vater Sarek, dass Spock versucht haben muss, vor seinem Tod seinen Geist in jemand anderes zu übertragen - in McCoy? Tatsächlich finden Saavik und Kirks Sohn David Marcus, die beide auf dem Planeten Genesis zurückgeblieben sind, Spocks leeren Sarg und entdecken in der Nähe ein vulkanisches Kind ohne Gedächtnis, das rasant heranwächst...

John Matrix, ehemailger Elitesoldat, hat sich zurückgezogen und lebt mit seiner Tochter in den Bergen. Doch eines Tages taucht General Kirby, sein ehemaliger Vorgesetzter, bei ihm auf, um ihn zu warnen: Irgendjemand hat es auf Johns ehemalige Einheit abgesehen, viele seiner ehemaligen Kameraden wurden bereits getötet. Wenig später erscheinen wirklich einige Männer, die John samt Tochter entführen, weil ein abgesetzter Diktator eines südamerikanischen Landes wieder an die Macht will, und John soll den aktuellen Präsidenten umbringen. Seine Tochter benutzen die Terroristen hierbei als Druckmittel, denn sollte der Präsident nicht getötet werden, werden sie seine Tochter ermorden.