Ninjutsu-Meister Sensei hütet das älteste Geheimnis der Ninjas: Die Waffentruhe "Yoroi Bitsu" mit den Waffen der letzten Koga Ninja. Zwei seiner eifrigsten Schüler sind der hitzköpfige Masazuka und der amerikanische Student Casey. Als sich beide in die Tochter ihres Meisters verlieben, verliert Masazuka die Kontrolle. Daraufhin verbannt ihn Sensei für immer aus dem Doro - doch Masazuka schwört Rache. Jahre später kehrt Masazuka zurück, um die Herrschaft über das Doro und des Yoroi Bitsu an sich zu reißen. Eine kampfgeladene Jagd nach der Waffentruhe beginnt und führt die Krieger schließlich bis nach New York - wo Masazuka endlich zu bekommen scheint, was er will: Sensei's Tochter Namika. Doch mit der Yoroi Bitsu als Köder, führt Casey seinen Gegner in eine tödliche Falle.

April, Courtney und Monica sehen auf den ersten Blick wie ganz normale junge Traumfrauen aus. Sie studieren am Junior-College, helfen der Mama im Haushalt und gehen am Abend noch ein wenig strippen, um das Geld für die Eliteuni zusammen zu sammeln. Nur sind sie, was kaum einer weiß, nebenbei noch komplex ausgebildete Ninja-Kriegerinnen und in dieser Funktion imstande, zu Dritt ganze Marinekompanien auseinander zu nehmen. Als ein gewissenloser Gangsterboss ihren Meister entführt und den Stripclub verwüstet, lernt er sie kennen.

Raizo ist einer der gefährlichsten Auftragskiller der Welt - seit ihn der Ozuno-Clan als Kind aus der Gosse geholt und zu einer perfekten Tötungsmaschine ausgebildet hat. Aber als die Geheimorganisation, die viele bloß für einen Mythos halten, seine Freundin brutal hinrichtet, bricht Raizo mit dem Clan ... und verschwindet. Nun bereitet er seine gnadenlose Rache vor und wartet.

Nachdem sie ihren größten Feind Shredder in die Schranken gewiesen haben, leben sich die vier Ninja-Turtles zunehmend auseinander. Als der Großindustrielle Max Winters damit beginnt, eine Armee von Monstern um sich zu scharen, muss Meister Splinter seine Schützlinge Donatello, Raphael, Michelangelo und Leonardo wieder vereinen, um nicht nur New York, sondern die ganze Welt zu retten.