Während Jerry Cotton gerade wieder souverän eine Kindesentführung aufklärt, geschieht in einer Wohnung, Mitten in New York, ein schrecklicher Mord. Obwohl er schon fast 50 Stunden nicht mehr geschlafen hat, kann Cotton es nicht lassen, noch einmal kurz bei den FBI-Kollegen am Tatort vorbei zu sehen und muss feststellen, dass es sich bei dem Toten um Sammy Serrano auch bekannt als "Der Puppenspieler", handelt. Sofort werden die Erinnerungen an seinen einzigen ungelösten Fall wach, denn anstatt Serrano den Diebstahl großer Goldvorräte nachzuweisen, blieben diese verschwunden und Serrano wurde aus Mangel an Beweisen wieder frei gelassen. Jetzt ist er tot und Cotton will den Fall klären, zusätzlich stellt man ihm einen neuen Partner an seine Seite, da sein bisheriger Partner beim letzten Fall schwer verletzt wurde - Phil Decker einen Anfänger und, wie es den Anschein hat, totalen Volltrottel...

Der junge Professor Charles Xavier, in seinen Zwanzigern, mit üppiger Haarpracht und zu Beginn des Films noch nicht im Rollstuhl, studiert in Oxford und trifft auf den gleichaltrigen Erik Lensherr. Beide sind Mutanten mit außergewöhnlichen Fähigkeiten. Gemeinsam erdenken sie eine Zukunft, in der Mutanten und Menschen vereint leben können. Als das Wohl der Welt auf dem Spiel steht, kämpfen sie mit vereinten Kräften und der Hilfe von anderen Mutanten gegen die drohende Gefahr des Hellfire Clubs mit Emma Frost und Sebastian Shaw. Erst im Laufe dieses Kampfes werden die beiden zu den Todfeinden der vorherigen Filme.

Jerusalem zu Beginn des Pessachfestes. Als Kommissar Michael Ochajon (Heiner Lauterbach) ein Baby vor seiner Tür findet, hilft ihm Nachbarin Nita (Linda Forestieri) aus der Klemme. Da wird Ochajon zu einem Tatort gerufen: Der berühmte Geiger Felix van Gelden wurde erstochen, Nitas Vater... Nach "Die Seele eines Mörders" spielt Lauterbach zum zweiten Mal den besonnenen Kommissar aus der Feder der Bestsellerautorin Batya Gur.