Die humanoiden Schildkröten Leonardo, Michelangelo, Raphael, Donatello und ihr Meister, die humanoide Ratte Splinter, kämpfen gegen den bösen Shredder und seine Armee von Foot Soldiern. Unterstützt werden sie dabei von der furchtlosen Journalistin April O'Neil und ihrem Kameramann Vern Fenwick. Ihre wichtigsten Waffen sind dabei nicht nur ihre Ninja-Ausbildung samt Waffengebrauch, sondern auch ihr Witz und ihre tiefe brüderliche Verbundenheit, sowie die Energie, die sie aus ihrem täglichen Pizzaverzehr ziehen.

Nachdem die beiden Schildkröten Sammy und sein Freund Ray um die ganze Welt gereist sind, wollen sie endlich ihren wohlverdienten Urlaub genießen und einfach nur faulenzen. Doch ihr Ruhestand wird zunichte gemacht, als ein bösartiger Fischer beide Schildkröten einfängt und verkauft. Weit weg von Zuhause finden sich Sammy und Ray in einen Aquarium wieder. Hinter dem Glas gefangen müssen sie feststellen, dass sie zu einer Touristenattraktion geworden sind und Zuschauer belustigen sollen. Während der Gefangenschaft lernen sie den Karpfen Jimbo und den Hummer Lulu kennen. Gemeinsam schmieden sie einen genialen Fluchtplan. Auch von außerhalb rückt derweil Unterstützung an, denn die Enkelkröten Ricky und Ella sind bereits auf dem Weg zu ihnen, um eine grandiose Rettungsaktion zu starten.