Ein Jahr ist vergangen, seit Clownfisch-Vater Marlin seinen verschollenen Sohn Nemo quer durch den ganzen Ozean gesucht hat und dabei tatkräftig von der vergesslichen Doktorfisch-Dame Dorie unterstützt wurde. Die Aufregungen des Abenteuers liegen mittlerweile lange zurück und die Drei sind wie eine kleine Familie. Doch als Dorie eines Tages eine scheinbar unbedeutende Beobachtung macht, schießt es ihr plötzlich durch den Kopf: Wo sind denn eigentlich ihre Eltern abgeblieben? Kleine Bruchstücke ihrer Vergangenheit kommen auf einmal zurück und lassen sie nicht in Ruhe. Für Dorie ist klar: Dieses Mal muss sie sich auf die Suche begeben. Gemeinsam mit Marlin und Nemo macht sie sich auf eine Reise voller Gefahren, die sie bis ins Meeresbiologische Institut in Kalifornien führt. Doch wird sie dort endlich mit ihrer Familie wiedervereint?

Seit frühester Kindheit hört Jacob von seinem Großvater Abraham immer wieder wundervolle und fantasiereiche Geschichten von einer Insel, auf der er sich vor Monstern versteckte und mit Kindern lebte, die alle außergewöhnliche Fähigkeiten besaßen. Als kleiner Junge liebt Jacob diese Geschichten, die er für bare Münze nimmt, später glaubt er seinem Opa jedoch kein Wort mehr. Als der Junge 16 ist, stirbt sein Großvater, scheinbar zerfleischt von einem wilden Tier. Doch Jacob meint, etwas anderes gesehen zu haben und wird neugierig: Er ringt seinen Eltern die Erlaubnis ab, zu der Insel zu reisen, auf der sein Opa zur Zeit des Zweiten Weltkrieges in einem Waisenhaus wohnte. Das alte Haus in Großbritannien ist längst eine verlassene Ruine, doch Jacob findet Anhaltspunkte dafür, dass die "besonderen Kinder" aus Abrahams Geschichten noch leben, gut behütet von der resoluten Miss Peregrine - aber die Gefahr, die Abraham das Leben kostete, ist noch immer nicht gebannt...