Die Fortsetzung des Films "Stargate" von 1994, beschreibt die weiteren Abenteuer des SGC (Stargate Command). Es stellt sich heraus, dass der Goa'uld Ra nur einer von vielen außerirdischen Herrschern war, der das Stargate zur Eroberung des Universum benutzte. Nach der vollständigen Entschlüsslung des Stargates, können nun Reisen ins ganze Universum unternommen werden. Das Militär sendet SG-Teams um diese neuen Welten zu erforschen, um neue Technologien zu entdecken und sich den Goa'uld zu stellen. Die Charakter Jack O'Neill and Daniel Jackson aus dem Film sind teil von SG-1. Begleitet werden sie von Sam Carter, einer Wissenschaftlerin, und Teal'c, einem Jaffa, der davon überzeugt ist, dass die Goa'uld keine Götter sind.

SG-1 soll der Hinrichtung von Ba'al, dem letzten Systemlord, beiwohnen. Während das Team auf die Exekution wartet, verschwinden Teal'c und Vala plötzlich ins Nichts. Als Mitchell, Carter und Daniel zur Erde zurückkehren, erwartet sie eine böse Überraschung: Etwas Unerklärliches hat den Zeitverlauf verändert und somit auch die Gegenwart - das Stargateprogramm hat nie existiert! Unmittelbar darauf schwenken etliche Mutterschiffe der Goa'uld in die Erdumlaufbahn ein. Angeführt wird die mächtige Flotte von Ba'al, seiner Königin Qetesh (Vala) und Primus Teal'c mit dem Ziel, die Menschen zu versklaven. Es gibt nur eine Chance, die Erde zu retten: eine Korrektur des Zeitverlaufs. Doch dafür muss das verbliebene SG-1-Team das Stargate finden - und die Zeit wird knapp.

SG-1 soll der Hinrichtung von Ba'al, dem letzten Systemlord, beiwohnen. Während das Team auf die Exekution wartet, verschwinden Teal'c und Vala plötzlich ins Nichts. Als Mitchell, Carter und Daniel zur Erde zurückkehren, erwartet sie eine böse Überraschung: Etwas Unerklärliches hat den Zeitverlauf verändert und somit auch die Gegenwart - das Stargateprogramm hat nie existiert! Unmittelbar darauf schwenken etliche Mutterschiffe der Goa'uld in die Erdumlaufbahn ein. Angeführt wird die mächtige Flotte von Ba'al, seiner Königin Qetesh (Vala) und Primus Teal'c mit dem Ziel, die Menschen zu versklaven. Es gibt nur eine Chance, die Erde zu retten: eine Korrektur des Zeitverlaufs. Doch dafür muss das verbliebene SG-1-Team das Stargate finden - und die Zeit wird knapp.

Die Armeen der Ori planen den finalen Angriff auf die Erde. Die letzte Hoffnung, die Feinde doch noch zu besiegen, liegt in der "Ark of Truth", einem mächtigen Antikerartefakt. Daniel ist überzeugt, dass sich die "Ark of Truth" in der Heimatgalaxie der Ori be-findet. Das SG-1-Team geht an Bord der "Odyssey" und bricht in die weit entfernte Galaxie auf. Während das Team auf zwei gefährliche Gegner trifft, verfolgt das IOA (International Oversight Advisory) auf der Erde einen eigenen Plan.

Der Traum von Dr. Thomas Abernathy, ein künstliches Schwarzes Loch zu erzeugen, endet in einer Katastrophe. Das Labor explodiert, alle Beteiligten sterben, mit ihnen der Leiter des Experiments, Dr. Soderstrom. Acht Jahre später versucht Abernathy das gleiche Experiment wieder. Dr. Eva Soderstrom, die Tochter des ums Leben gekommenen Wissenschaftlers, weiß um die Gefährlichkeit des Experiments und versucht, es mit Hilfe von Dr. Steven Pryce zu verhindern. Falls dies nicht gelingt, wird die Erde in einem riesigen Feuerball explodieren und als Schwarzes Loch enden. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt, denn niemand glaubt ihnen und Abernathy will gegen jegliche Vernunft seine Pläne skrupellos durchsetzen.