Während einer Routinereise durch das All zu einem neuen Heimatplaneten, erwachen zwei Passagiere aufgrund einer Fehlfunktion ihres Raumschiffs 90 Jahre zu früh aus dem Kälteschlaf. Jim und Aurora steht nun bevor, ihr gesamtes restliches Leben an Bord dieses Raumschiffs verbringen zu müssen. Umgeben von jedem nur denkbaren Luxus, fühlen sie sich stark zueinander hingezogen und verlieben sich ineinander. Doch plötzlich entdecken sie, dass sich ihr Raumschiff in großer Gefahr befindet. Das Leben von 5.000 schlafenden Passagieren steht auf dem Spiel - und nur Jim und Aurora können sie retten.

Blu und Jewel verlassen in "Rio 2" gemeinsam mit ihren drei Kindern das sichere Zuhause, weil Jewel der Meinung ist, dass die lieben Kleinen lernen sollten, wie richtige Vögel zu leben. So landet die Familie schließlich am Amazonas, einem Ort, der Blu vollkommen fremd ist. Blu ist darum bemüht, sich mit seinen neuen Nachbarn anzufreunden und sich in der neuen Umgebung einzuleben. Er macht sich jedoch auch Sorgen, Jewel und die Kinder zu verlieren, sobald sie in der Wildnis heimisch werden. Von zwei Seiten droht aber noch deutlich größere Gefahr: Zum einen ist da Blus Schwiegervater, mit dem er auf keinen grünen Zweig kommt - und zum anderen Nigel, der einen hinterhältigen Racheplan ausgeheckt hat...