Ein gewissenloser Waffenhändler stirbt im Gefängnis. Als seine Leiche spurlos verschwindet, wird Cathy, alias Jane Doe, für den Fall involviert. Sie findet heraus, dass der Tote noch lebt und sich auf der Flucht befindet. Cathys Ehemann Jack weiß nach wie vor nicht, dass seine Frau als Geheimagentin arbeitet und befürchtet, dass sie eine Affäre hat

Während einer Ermittlung in einem Entführungsfall bekommt Cathy (Lea Thompson) Besuch von ihrer Mutter (Donna Mills), die selbst für den Geheimdienst tätig war. Mutter und Tochter müssen zusammenarbeiten, um einen berühmten Mentalisten zu finden, der geheime Informationen über ausländische Geheimagenten hat.

Die ehemalige Geheimdienst-Agentin Cathy Davis , die den Deckname Jane Doe trägt, wird ein weiteres Mal von ihrem ehemaligen Boss Frank Darnell für einen brisanten Fall reaktiviert. Die Unabhängigkeitserklärung der Vereinigten Staaten von Amerika wurde während einer Ausstellung in Philadelphia gestohlen. Am Tatort finden die Agenten nur Rätsel vor. Cathy vermutet, dass das wertvolle Dokument nie wirklich am Ausstellungsort war...

Bei einem Flug nach L.A. fordert ein fremdes Virus ein Todesopfer. Der besorgte Kapitän informiert die Seuchenkontrolle, die nach der Landung alle Passagiere unter Quarantäne stellt. Bei dem Erreger handelt es sich um H3N7, der sich mit großer Geschwindigkeit ausbreitet und zu einem qualvollen Erstickungstod führt. Unter den Passagieren ist der verurteilte Drogenboss Vicente. Bei seiner Befreiung aus der Quarantäne nutzen auch andere verängstigte Passagiere den Tumult zur Flucht.

Donna lernt den Polizisten Dennis kennen und lieben. Nach einem Gewaltausbruch von ihm verzeiht sie ihm und heiratet ihn. Doch die Beziehung wird für sie zur Falle, denn Dennis ist krankhaft gewalttätig. Als ihre Hilferufe von der Polizei ignoriert werden, gibt es nur eine Lösung: Sie muss selbst Gewalt anwenden, um sich zu schützen.

Der ehemalige FBI Agent Jack Bender (Dean Cain) befindet sich auf dem Flug von New York nach LA, als die Maschine entführt wird. Die Terroristen fordern die Freilassung von Silas Jansen (William Forsythe), der Anführer einer rassistischen Seperatistenbewegung war und drohen mit der Zündung einer radioaktiven Bombe. Mit der Unterstützung eines Fluggastes und der Stewardess Sela Jameson (Sunny Mabrey) versucht Jack die Lage unter Kontrolle zu bringen und die Bombe zu entschärfen, stößt dabei aber auf Hinweise das die Entführer anscheinend ganz andere Pläne haben als sie vorgeben...

US-Präsident Jonathan Hayes (Gregory Harrison) hat einen gefährlichen Job. Also muss Secret-Service-Agentin Alex (Daryl Hannah) ständig vor Ort sein. Ihren Freund Grant (Doug Savant) sieht sie dafür kaum noch. Mr. President hat ein Einsehen und lädt den jungen Mann einfach mal nach Seattle ein. Den Ehering im Gepäck, macht Grant sich zum denkbar schlechtesten Zeitpunkt auf den Weg: Der Countdown zu einem Attentat hat bereits begonnen... Im mittelmäßigen Sequel des TV-Thrillers "Die Tochter des Präsidenten" (in den USA ein Quotenhit) übernimmt Daryl Hannah die Rolle von Mariel Hemingway, die in Teil drei ("First Shot") wieder zurückkehrt.

Fort Greene, Oregon: Als in einem Offiziersclub ein Bombenanschlag zahlreiche Menschenleben fordert, will US-Präsident Jonathan Hayes trotz der Warnungen seiner Sicherheitsberaterin Alex McGregor am Trauerzeremoniell teilnehmen. Noch während seiner Rede wird der Präsident angeschossen und schwer verletzt. Alex und ihr Freund Grant Coleman heften sich an die Spur der Attentäter - und bringen sich damit selbst in höchste Gefahr...