Seit der ersten Stargate-Mission ist mehr als ein Jahr vergangen. Als feindlich gesinnte Außerirdische unerwartet durch das Sternentor in die Militärbasis dringen, wird das streng geheime Stargate-Programm reaktiviert. Col. O'Neill und sein neu zusammengestelltes Team sollen herausfinden, was hinter dem Angriff steckt. Schon bald müssen sie erfahren, dass weitaus mehr Tore existieren und dass im Universum Gefahren lauern, die jede Vorstellung übersteigen.

Eigentlich soll April Wexler und Fin Sheperd ein angenehmer Urlaub bevorstehen, doch starker Wind und jede Menge Regen macht ihnen einen Strich durch die Rechnung. Was nun folgt, ist den beiden nur zu gut bekannt: Ein Tornado, in dem unzählig viele hungrige Haie lauern, zieht über das Land und schließt sich mit weiteren Wirbelstürmen dieser Art zusammen. Die ganze Ostküste der USA wird bedroht - von Washington bis Orlando. Der Hai-Sturm nähert sich dem Spring Break, wo sich Fins Kinder zu bebenden Beats mit zahlreichen anderen Feierwütigen amüsieren wollen. Für die bissigen Bestien gleicht das Party-Gelage einem Festschmaus und der Sturm nimmt Kurs auf Florida. Auch bei seinem dritten Aufeinandertreffen mit den vom Himmel fallenden Haien schwingt Fin wieder eine Kettensäge und bekommt diesmal unter anderem von seinem Vater Gilbert tatkräftige Unterstützung, denn dieser ist gar nicht gut auf die Biester zu sprechen, haben sie doch seinen Lebensgefährten auf dem Gewissen.

Die Apokalypse bricht über Los Angeles herein - und sie kommt nicht vom Himmel, sondern aus dem Inneren des Planeten. Seit fünf Milliarden Jahren arbeitet der Erdkern unerbittlich wie ein Nuklear-Reaktor. Nun droht eine Überhitzung und damit auch eine Explosion wie ein gigantischer Sprengsatz tief in der Erde unter der Stadt der Engel. Dort ist die Oberfläche bereits am Zerbersten und ein enormer Druck baut sich spürbar auf, sodass die Regierung eine Massenevakuierung anordnet. Doch Calvin Crawford weigert sich ohne seine Verlobte Ashley zu gehen. Sie ist spurlos verschwunden und er macht sich auf die gefährliche Suche, ohne zu wissen, dass seine Liebste entführt worden ist und von einigen Kriminellen als Geisel festgehalten wird. Die Zeit rennt Calvin davon, denn mit jeder weiteren verstrichenen Sekunde nähert sich der unaufhaltsame Untergang von Los Angeles.

Der Mega Shark kehrt nach seinen Kämpfen gegen den riesigen Octopus und den Crocosaurus erneut zurück. Als er dieses mal wieder die Weltmeere unsicher macht und einen gigantischen Schaden vor der Küste Ägyptens anrichtet, hat dies weltweite Börsencrashs und Panik zur Folge. Doch die Navy hat aus den ersten Mega-Shark-Vorfällen gelernt und ist nun besser auf die Situation vorbereitet: Sie haben bereits ein spezielles U-Boot entwickelt, dass der Gestalt eines Hais ähnelt. Die Militärwissenschaftlerin Rosie will damit dem gigantischen Haifisch gegenübertreten und ihn besiegen. Jedoch konnte Rosie viele der Schwächen der neuartigen Maschine noch nicht rechtzeitig ausmerzen und der Mega Shark macht sich diese schon bald zu Nutzen.