Von Mord und Spionage bis hin zu Terrorismus und gestohlenen U-Booten untersucht ein Team von Spezialagenten jedes Verbrechen, bei dem es sich um eine Spur von Beweisen handelt, die mit dem Personal der Navy und des Marine Corps in Verbindung stehen, unabhängig von Rang oder Position.

Eine U-Boot-Crew um Dr. Doug Standish bricht auf eine Mission auf, die sie durch alle Weltmeere führen wird: Die Wissenschaftler sollen Warngeräte auslegen, die im Fall von Erbeben und Flutwellen frühzeitig Alarm schlagen. Doch die Aufgabe ist gefährlicher und mühsamer als gedacht, zumal die Spannungen zwischen den Crewmitgliedern ständig zunehmen.

Navy CIS ist eine seit 2003 produzierte US-amerikanische Krimiserie, die von einem Ermittlerteam des Naval Criminal Investigative Service (NCIS) handelt, einer bis September 2011 in Washington, D.C. angesiedelten US-Bundesbehörde. In der Serie geht es um die Aufklärung von Verbrechen, in die Angehörige der United States Navy und des United States Marine Corps verwickelt sind.