Nachdem ein kleiner Meteroit in einer südamerikanischen Stadt eingeschlagen ist, erkennt das amerikanische Militär, daß ein weitaus größerer Meteroit auf die Erde zurast und innerhalb der nächsten Tage mit verheerender Wirkung einschlagen wird. Der einzige Mensch, der diese Katastrophe abwenden kann, ist Linden Ashby, ein Professor der US Sternenwarte. Bevor dieser helfen kann, wird er von Payne und seiner fanatischen, religiösen Sekte entführt, die der Ansicht sind, daß die Zerstörung der Erde von Gott gewollt ist und keinesfalls aufgehalten werden darf. Die amerikanische Regierung setzt die FBI Agentin Tyrell auf den Fall an, sowie das ehemalige Sektenmitglied Reese, der das Versteck ausfindig machen soll. Ein Wettlauf mit der Zeit beginnt, ist die Erde noch zu retten...

Der eingebildete Löwe Alex, das vorlaute Zebra Marty, die ständig panische Giraffe Melman und die divenhafte Nilpferd-Dame Gloria sind die absoluten Stars im Zoo des New Yorker Central-Park. Doch Marty ist traurig: Zu sehr beschäftigt ihn der Gedanke an die Freiheit. Und als er eines Tages zufällig hinter den Fluchtversuch einiger Pinguine kommt, ist er kurz darauf verschwunden. Als sich alle vier Freunde nach einer tierisch rasanten Flucht durch das New Yorker U-Bahn-Netz, in Kisten verpackt auf einem Schiff wiederfinden, sind sie Martys Wunsch "Zurück in die Wildnis" unfreiwillig näher, als sie glauben: Vor der Küste der Insel Madagascar gehen sie erst über Bord, um gestrandet aus erster Hand zu erfahren, wie sich das wilde, neue Leben anfühlt.