Dorfpolizist Franz Eberhofer hat mal wieder jede Menge Probleme, die ihn aus seinem Alltagstrott reißen: Er wird gegen seinen Willen befördert und muss deswegen in die große Stadt gehen, nach München, wo er in eine Wohngemeinschaft mit seinem exzentrischen Kumpel Rudi zieht und ausgerechnet seine Rivalin Thin Lizzy seine Vorgesetzte ist. Zum Glück gibt es bald wieder eine Ausrede, nach Niederkaltenkirchen zurückzukehren: Im Opel Admiral seines Vaters wird eine Leiche gefunden und ein alter Bekannter, der erfolgreiche Geschäftsmann Karl-Heinz Fleischmann macht sich an Franz"? Freundin Susi ran. Vielleicht wird es also endlich Zeit für den Heiratsantrag, vor dem sich der Dorf-Cop schon so lange drückt...

Auf einer Pressekonferenz äußert sich der bayerische Ministerpräsident Reitmayer (Markus Böker) unklar und unüberlegt zu einem möglichen Austritt Bayerns aus der Bundesrepublik Deutschland und entfacht damit eine Diskussion von ungeahntem Ausmaß in der Presse und den Medien. Die Aufregung um seine Worte wird Reitmayer schnell zu viel und so zieht er sich aus der Öffentlichkeit zurück und flieht in eine abgelegene Gegend auf dem bayerischen Land. Damit stößt er jedoch auch seine Familie vor den Kopf, der er seinen Aufenthaltsort nicht verraten hat: Kurzerhand machen sich seine Kinder Kathi (Tanja Schmidbauer) und Martl (Andreas Obermeier) auf die Suche nach ihm. Dabei lernen sie nicht nur eine Menge über ihre Familie, sondern auch über ihre Heimat Bayern und deren verschiedene Regionen. Unterdessen hat der untergetauchte Ministerpräsident sein Glück gefunden, doch er muss wohl oder übel zurück in die Öffentlichkeit, um die immer noch tobende Debatte zu beruhigen...

Am Morgen nach einer wilden Polizisten-Hochzeit wird der immer noch leicht angetrunkene Dorfpolizist Franz Eberhofer unsanft von den schwer bewaffneten Kollegen des Sondereinsatzkommandos geweckt, die ihn wegen Mordverdachtes festnehmen: Sein Vorgesetzter, Kommissar Barschl wurde mit Franz"? Taschenmesser im Rücken tot aufgefunden - und Franz und Barschl waren im ganzen Dorf als Rivalen und Erzfeinde bekannt. Glücklicherweise verschafft Franz' Vater ihm ein Alibi, so dass er immerhin wieder auf freien Fuß kommt. Gemeinsam mit seinem Kumpel und Kollegen Rudi Birkenberger nimmt Franz die Ermittlungen auf. Doch nebenbei muss er sich noch mit zahlreichen anderen Problemen herumschlagen, wie Paul, der Jugendliebe seiner Oma und seiner Freundin Susi die auf die Hochzeit drängt.

Der Familie Hartmann stehen turbulente Zeiten bevor, als Mutter Angelika nach dem Besuch eines Flüchtlingsheims beschließt, gegen den Willen ihres Mannes Richard mit Diallo einen der dortigen Bewohner bei sich aufzunehmen. Und bald füllt sich das Haus noch weiter. Denn Tochter Sophie eine ziellose Dauerstudentin auf der Flucht vor einem Verehrer, und der Burnout-gefährdete Sohn Philipp samt Enkel Basti ziehen wieder zuhause ein. Während der Nachwuchs bald feststellen muss, dass es in der Ehe seiner Eltern kräftig kriselt, durchlebt die Familie durch die ungewohnte Situation in ihrem Haus lauter Wirrungen und Turbulenzen - da geht es den Hartmanns wie dem Rest des Landes.

Dorfpolizist Franz Eberhofer muss mehrere seltsame Todesfälle rund um die Familie Neuhofer aufklären. Während die Mehrheit und vor allem Franz' Vorgesetzter Moratschek an eine unglückliche Aneinanderreihung von Zufällen glauben, hat der Dorfpolizist bereits einen mutmaßlichen Täter ins Auge gefasst - vielmehr eine Tatverdächtige: die ebenso verführerisch wie mysteriös wirkende Mercedes. Sofort nimmt Franz mit der Unterstützung seines Münchener Ex-Kollegen Rudi Birkenberger die Fährte der attraktiven Frau und ihres Partners Klaus Mendel auf. Die Verfolgungsjagd führt sie bis nach Teneriffa, wo Franz und Rudi in einem Romantikhotel als vermeintliches Pärchen landen. Indes bekommt Franz nicht nur den Fall nicht mehr aus seinem Kopf - letzterer wird ihm auch gehörig von Femme fatale Mercedes verdreht.

In Bergblut wird dieser Aufstand aus der Perspektive der Bayerin Katharina betrachtet, die mit dem Tiroler Franz in dessen Heimat fliehen muss, nachdem Franz im Streit einen französischen Soldaten erschlagen hatte. Katharina wird allerdings in Franz' Heimatdorf alles andere als herzlich aufgenommen, stammt sie doch aus Bayern, wie Frankreich Besatzungsmacht. Während Katharina ihre Heimat und die Annehmlichkeiten der Großstadt Augsburgs vermisst, lässt sich Franz vom späteren Volkshelden Andreas Hofer begeistern und in den Aufstand mitreißen. Um Franz vor den Gefahren des Krieges zu retten, bedient Katharina sich einer List, deren Aufdeckung dazu führt, dass sie vom Hof verstoßen wird. Doch auch wenn das Tiroler Bergblut kocht, ist das persönliche Drama im historischen Gewand noch nicht zu Ende.