In einem japanischen Atomkraftwerk, in dem der amerikanische Ingenieur Joe Brody und seine Frau Sandra beschäftigt sind, kommt es zu einer Katastrophe. Noch Jahre später versucht Joe, der als einer der wenigen überlebt hat, die wahren Ursachen des Unglücks aufzuklären. Und seine Intuition gibt ihm Recht. Zusammen mit seinem Sohn Ford und dem Wissenschaftler Ichiro Serizawa findet er heraus, dass ein riesiges Monster für die Katastrophe von damals verantwortlich war. Und jetzt schlägt es wieder zu! Das Militär ist machtlos. Kann der sagenumwobene Godzilla helfen?

Helikopterpilot Adam Gibson staunt nicht schlecht, als er eines Tages nach getaner Arbeit auf der heimischen Hausmatte steht und feststellen muss, dass bereits ein Doppelgänger den Posten als Familienvater eingenommen und seinen frischgebackenen Geburtstagskuchen angeschnitten hat. Als dann auch noch postwendend unbekannte Bösewichte nach seinem Leben trachten, zieht der begreiflicherweise erregte Bürger auf einen fulminanten Rachefeldzug - und fördert eine umfassende Verschwörung in Kreisen kriminellen Humangenetiker zutage.