Der aufgeweckte 12-jährige Waisenjunge Peter lässt sich nur selten etwas gefallen. Doch in dem trostlosen Heim, in dem er aufwächst, wird jedes noch so kleine Anzeichen von Rebellion im Keim erstickt. Eines Nachts verschwindet Peter wie von Zauberhand aus dem Waisenhaus und findet sich plötzlich im magischen Nimmerland wieder, das von Feen, Kriegern und Piraten bewohnt wird. Während er versucht, sich an dem fremden und faszinierenden Ort zurechtzufinden, macht er Bekanntschaft mit der kämpferischen Tiger Lily und dem charmanten James Hook. Das alles ist erst der Beginn eines ebenso gefährlichen wie aufregenden Abenteuers, bei dem Peter nicht nur etwas über seine verschwundene Mutter erfährt, sondern es auch mit dem finsteren und erbarmungslosen Piraten Blackbeard zu tun bekommt, dem er sich gemeinsam mit seinen neuen Freunden in den Weg stellt, um Nimmerland zu retten...

Der Motor für das Fortbestehen einer Art ist die Mutation, die unter bestimmten sich ändernden Umweltbedingungen sich von größtem Vorteil erweist. Noch sah sich immer der Mensch, der Homo sapiens, als die Krone der Schöpfung. Doch nun - mit dem Auftritt der Mutanten - sehen sich die Menschen in ihrer Alleinstellung bedroht vom Homo sapiens superior. Und tatsächlich sollen sie von ihrem Thron gestürzt werden. Denn keiner Vertritt mehr die Maxime des Survival of the Fittest als Apocalypse, der erste der Mutanten. Doch Apocalypse ist wenig zimperlich im Kampf ums Überleben, auch Mutanten, die Schwäche zeigen, müssen ausgetilgt und vernichtet werden. Und so müssen die Menschen und die Mutanten um Professor Xavier und Magneto Seite an Seite stehen, um gegen Apocalypse und seinen Selektionsdruck eine Chance zu haben.

Nachdem viele der X-Men gestorben sind und die Allianz der Kämpfer mit den übernatürlichen Kräften aufgelöst wurde, befindet sich Logan aka Wolverine in einer Situation, in der er von der Verantwortung gegenüber seinem alten Team entbunden ist. Auf der Suche nach einem Grund zu leben, begibt er sich in das moderne Japan. Dort trifft er sowohl ihm gut und schlecht gesonnene Menschen und muss sich fragen, wem er trauen kann. Neben Feinden wie Industriellen, Politikern, Frauen und Ninjas trifft er auch auf seinen Erzfeind: Kenuichio Harada, besser bekannt als Silver Samurai. Als Mutant kann er verschiedene Stoffe mit Energie beladen und so mit seinem Samurai-Stahl jede Materie durchdringen. Wolverine entdeckt zum ersten Mal, dass es etwas gibt, das ihn verwundbar macht und stößt an seine körperlichen und emotionalen Grenzen. In einem seiner schwierigsten Kämpfe stellt er sich seiner eigenen Unsterblichkeit.