Lost City Raiders spielt im Jahr 2048, die globale Klimaerwärmung hat zu einem Abschmelzen der Polkappen geführt und in den vergangenen 40 Jahren bereits 70% der Landmassen überflutet. Alle Küstenstädte und viele Metropolen der Erde stehen größtenteils oder ganz unter Wasser. Ein Ende der Fluten ist nicht abzusehen. John Kubiak und seine beiden Adoptivsöhne Jack und Thomas verdienen ihren Lebensunterhalt mit der Suche nach versunkenen Kostbarkeiten aus der Vergangenheit. Ihre Schatzsuche führt sie unter anderem nach Neu-Rom. Dort trifft sich John mit Kardinal Battaglia im Vatikan, wo er einen geheimen Auftrag erhält. Schließlich begibt sich die ganze Familie auf eine waghalsige Mission, um ein Jahrhunderte altes, mystisches Zepter zu finden, das angeblich die Macht besitzt, die lebensbedrohlichen Wassermassen aufzuhalten.

In New York findet man mehrere verunstaltete Männerleichen auf. Detective Klusky, der an den Fall arbeitet, entdeckt, daß alle mit der Insektenforscherin und Grundschullehrerin Remy bekannt gewesen waren. Doch an eine Schuld der Frau kann Detective Klusky nicht glauben. Als plötzlich Spezialagenten auftauchen ahnt Klusky, daß etwas anderes mit den Mordfällen zu tun hat...