Der 16-jährige Duncan Rosenblatt ist eigentlich ein ganz normaler Teenager - wären da nicht seine orange, schuppige Haut und sein großer Appetit auf Kohle. Denn Duncan ist halb Mensch und halb Kaiju. Die Kaiju waren uralte, mächtige Kreaturen, die von den Menschen gefürchtet wurden. Vor genau 16 Jahren kam es zu einem furchtbaren Krieg zwischen den Kaiju und den Menschen. Während Duncans Menschenmutter, die sich damals in Belloc, den feuerspeienden König der Kaiju verliebte und damit die menschliche Rasse rettete, möchte, dass ihr Sohn so normal wie möglich unter den Menschen lebt, will sein Vater Belloc Duncan zum nächsten Anführer der Kaiju ausbilden.

Nachdem der Kontakt mit dem Bergbauschiff Ishimura und der Kolonie auf Aegis VII abgebrochen ist, werden Marines zur Untersuchung geschickt. Sie finden 4 Überlebende, die eingehend verhört werden und die Ihr Geheimnis auf eine entsetzliche Art und Weise preisgeben. --- Der Film ist Teil einer Serie, die durch Comics, Videospiele und Filme erzählt wird. Dieser Film schließt die Lücke zwischen den Spielen DS und DS2. Das Marineschiff findet auch die Rettungskapsel mit Isaac Clarke, dem Helden der beiden Spiele. Nachdem es auf der Raumstation "Sprawl" ankommt, soll dieser ebenfalls verhört werden. Ein weiteres Spiel, DS Ignition, erzählt die Ereignisse nach diesem Film auf der Sprawl, die inzwischen von den Necromorphs infiziert ist, und endet damit, dass Isaac Clarke wiederbelebt wird. Genau hier schließt dann das Spiel DS2 an.