Nach dem Tod des Staatsanwalts Harvey Dent alias Two-Face nahm Batman die Schuld von dessen Verbrechen auf sich, um seinen Ruf zu schützen. Daher wurde er von dem Gotham City Police Department gejagt und verließ die Stadt. Die Handlung des Films setzt acht Jahre nach den Ereignissen von The Dark Knight ein. Nachdem der bemerkbar gealterte Batman nach Gotham zurückkehrt, muss er die Wahrheit der geheimnisvollen Selina Kyle herausfinden und den Schurken Bane davon abhalten, Gotham zu zerstören

Der brutale Bostoner Mafiaboss Frank Costello hat es geschafft, mit Colin Sullivan einen seiner treuesten Männer bei der städtischen Polizei einzuschleusen, um stets auf dem Laufenden über die geplanten Aktivitäten der Cops zu bleiben. Und weil die Taktik, den Gegner mit Hilfe eines Maulwurfs auszuspionieren, zwar alt aber effektiv ist, hatten auch Polizeichef Queenan und Sergeant Digman diese Idee. Ihr Undercover-Ermittler Billy Costigan hat sich schnell zu einem der engsten Vertrauten von Pate Costello hochgearbeitet. Als sowohl die Mafia als auch das Police-Department erfahren, dass sich ein Falschspieler in ihren Reihen befindet, ohne aber dessen Identität zu kennen, müssen Sullivan und Costigan alles daran setzen, dass der jeweils andere zuerst auffliegt, um somit ihre eigene Tarnung aufrecht erhalten zu können.