Nachdem ein kleiner Meteroit in einer südamerikanischen Stadt eingeschlagen ist, erkennt das amerikanische Militär, daß ein weitaus größerer Meteroit auf die Erde zurast und innerhalb der nächsten Tage mit verheerender Wirkung einschlagen wird. Der einzige Mensch, der diese Katastrophe abwenden kann, ist Linden Ashby, ein Professor der US Sternenwarte. Bevor dieser helfen kann, wird er von Payne und seiner fanatischen, religiösen Sekte entführt, die der Ansicht sind, daß die Zerstörung der Erde von Gott gewollt ist und keinesfalls aufgehalten werden darf. Die amerikanische Regierung setzt die FBI Agentin Tyrell auf den Fall an, sowie das ehemalige Sektenmitglied Reese, der das Versteck ausfindig machen soll. Ein Wettlauf mit der Zeit beginnt, ist die Erde noch zu retten...

Storm Trooper spielt in naher Zukunft in einem Polizeistaat. Grace (Carol Alt) gewährt einem Flüchtling Unterschlupf, der von einem Trupp Special Agents verfolgt wird, die den Auftrag haben, ihn zu töten.