Nachdem der Nuklearwissenschaftler Joe Brody und sein beim US-Militär stationierter Sohn Ford herausfanden, dass der skrupellose Ichiro Serizawa nach einer Beinahe-Reaktorkatastrophe im japanischen Janjira an einer riesigen, urzeitlichen Kreatur herumexperimentiert, konnte gegen das "Muto" getaufte Wesen nur einer etwas ausrichten: Godzilla. Jetzt müssen die Krypto-Zoologen von Monarch allerdings einen Weg finden, gleich mit einer Reihe von Urzeit-Monstern fertig zu werden. Eine entscheidende Rolle dabei spielt die Paleo-Biologin Emma Russell (Vera Farmiga), die einen Weg gefunden hat, via Sonar mit den gigantischen Wesen zu kommunizieren. Neben Godzilla, mit dem vor allem Russells Ex-Ehemann Mark (Kyle Chandler) eine Rechnung offen hat, sind es vor allem dessen Feinde Mothra, Rodan sowie der dreiköpfige King Ghidorah, die den Lebensraum der Menschen für immer zerstören könnten ...

Spontan meldet sich Megan Leavey zu den Marines. In der Ausbildung trifft sie auf einen anderen Soldaten mit schwierigem Charakter: Sprengstoffhund Rex. Der aggressive Schäferhund braucht einen neuen Hundeführer und Megan setzt alles daran, um die entsprechende Qualifikation zu bekommen. Im Irak retten sie viele Kameraden vor Bomben und Minen. Die Arbeit schweißt die junge Frau und ihren Hund eng zusammen. Danach beginnt für die junge Frau ein neuer Kampf: Ihr vierbeiniger Kamerad soll wieder in den Einsatz, für ein ziviles Leben an ihrer Seite ist er nach Ansicht der Army nicht geeignet.