Am Ende des ersten Teils hatten sich Surfer und Bar-Besitzer Fin und seine Ex-Frau April miteinander versöhnt. Nun brechen sie zu einer Reise nach New York auf, um dort ihre alte Highschool-Freundin Skye zu besuchen. Was ein netter Ausflug sein sollte, nimmt bald eine beunruhigende Wende, denn die Ereignisse überschlagen sich erneut. Wiederum legt sich ein bizarrer Wirbelsturm über die Stadt: Es handelt sich um einen Sharknado. Das ungewöhnliche Wettersystem hatte dafür gesorgt, dass der Sturm an der Küste einen Haischwarm aufgesaugt hatte, die nun um die Freiheitsstatue ebenso wie über den Broadway tänzeln. Natürlich lassen sich die Sharknado-Experten dies nicht bieten, sondern gehen sogleich in die Offensive, indem sie dem Sturm mit Kettensägen und selbstgebauten Bomben trotzen.

In den letzten Szenen von "Sharknado 5: Global Swarming" ist Fin der einzige Überlebende, nachdem die Erde durch die Sharknados zerstört wurde. Nun muss Fin in Sharknado 6 durch die Zeit reisen, um den Sharknado zu verhindern, mit dem alles begann. Werden Fin und sein Team es schaffen, die Ordnung wiederherzustellen und die Welt ein weiteres Mal zu retten?

Jack Lawrence ist ein charismatischer und erfolgreicher Anwalt. Eines Tages bekommt er Besuch von einer seiner Ex-Verflossenen, die ihm gesteht, dass er Vater ist. Fast zur gleichen Zeit bekommt der chaotische und Schriftsteller Dale Putley ebenfalls Besuch von der gleichen Frau, die auch eine Ex-Geliebte von ihm ist, und ihm wird auch eine Vaterschaft kundgetan. Durch eine Reihe von Zufällen laufen sich Jack und Dale über den Weg und erfahren, dass sie angeblich beide die Väter des 17-jährigen Scott sind. Doch nun steht die Frage im Raum, wer denn nun wirklich der reale Vater ist! Als sie Scott treffen und ihn zur Rede stellen wollen, flüchtet dieser und nun müssen sich die beiden Männer zusammenraufen, um ihren angeblichen Sohn wiederzufinden.

Eigentlich soll April Wexler und Fin Sheperd ein angenehmer Urlaub bevorstehen, doch starker Wind und jede Menge Regen macht ihnen einen Strich durch die Rechnung. Was nun folgt, ist den beiden nur zu gut bekannt: Ein Tornado, in dem unzählig viele hungrige Haie lauern, zieht über das Land und schließt sich mit weiteren Wirbelstürmen dieser Art zusammen. Die ganze Ostküste der USA wird bedroht - von Washington bis Orlando. Der Hai-Sturm nähert sich dem Spring Break, wo sich Fins Kinder zu bebenden Beats mit zahlreichen anderen Feierwütigen amüsieren wollen. Für die bissigen Bestien gleicht das Party-Gelage einem Festschmaus und der Sturm nimmt Kurs auf Florida. Auch bei seinem dritten Aufeinandertreffen mit den vom Himmel fallenden Haien schwingt Fin wieder eine Kettensäge und bekommt diesmal unter anderem von seinem Vater Gilbert tatkräftige Unterstützung, denn dieser ist gar nicht gut auf die Biester zu sprechen, haben sie doch seinen Lebensgefährten auf dem Gewissen.

Der junge Karrierist Bob Roberts strebt einen Sitz im Senat an. Nach außen vertritt er Wertvorstellungen wie Nationalbewusstsein und den Erhalt der Familie. Hinter der Maskerade verbergen sich skrupelloses Eigeninteresse und eine Menge leerer Versprechungen.

Der ehemalige Hausmeister Joe Dreck hat seine Geliebte Brandy geheiratet und wohnt jetzt mit ihr und den drei reizenden Töchtern in einem lauschigen Trailer Park. Beruflich hat er auf Holzfäller umgesattelt, doch zu seinem Bedauern nehmen ihn die Kollegen nicht wirklich ernst. Eines Tages tobt ein Tornado über die Gegend, und aufgrund einer Laune der Natur wird Dreck zurück katapultiert ins Jahr 1965. Dort fühlt er sich erst recht verloren, doch dann erkennt er, dass sein Wissen über die Zukunft ihn reich machen kann.