Europa zu Beginn des 17. Jahrhunderts: Gräfin Erzebet Bathory gilt als mächtigste Frau im Land - schön, intelligent und nicht bereit, zu akzeptieren, dass Männer in dieser Welt die Regeln nach Belieben manipulieren. Auf einem Fest lernt sie den weitaus jüngeren Istvan kennen. Leidenschaftlich verlieben sich die beiden ineinander. Doch ihr Glück ist nur von kurzer Dauer: Istvans Vater Graf Thurzo zwingt seinen Sohn, den Kontakt zu Erzebet abzubrechen und beginnt ein intrigantes Spiel. Sein Plan geht auf: Erzebet vermutet eine Zurückweisung aufgrund des hohen Altersunterschiedes und erliegt, getrieben von Sehnsucht und Enttäuschung, der bizarren Idee, das Blut jungfräulicher Mädchen verhelfe ihr zu ewiger Jugend und Schönheit.

400 Jahre in der Zukunft, genauer im Jahre 2415, ist Æon Flux eine mysteriöse Attentäterin. Vier Jahrhunderte nach einem Virus, der fast die gesamte menschliche Rasse ausgelöscht hat, leben 5 Millionen Menschen in einer utopischen Stadt genannt Bregna. Æon kämpft um das Goodchild Regime zu vernichten, dass von ihrem Namensvetter und Herrschers von Bregna, Trevor Goodchild angeführt wird. Æon versucht Trevor Goodchild zu töten, doch kurz bevor offenbaren sich weitere Geheimnisse die entdeckt werden müssen und Verschwörungen die vereitelt werden müssen.