Auf dem Höhepunkt der iranischen Revolution wird am 4. November 1979 die US- Botschaft in Teheran gestürmt - militante Studenten nehmen 52 Amerikaner als Geiseln. Doch mitten in diesem Chaos gelingt es sechs Amerikanern, sich davon zu schleichen und in das Haus des kanadischen Botschafters zu fliehen. Es ist nur eine Frage der Zeit, bis der Verbleib der sechs bekannt wird - ihr Leben steht auf dem Spiel. Deshalb entwirft der auf das "Ausfiltern"spezialisierte CIA-Agent Tony Mendez einen riskanten Plan, um die Flüchtlinge außer Landes und in Sicherheit zu bringen. Dieser Plan ist so unglaublich, dass er sich nur im Kino abspielen kann...

Jason Bourne war nicht alleine: Tatsächlich war er nur einer von vielen Agenten, die beim Treadstone-Programm zu einer willenlosen Tötungsmaschine umprogrammiert wurden. Zu ihnen gehörte auch Aaron Cross, ein Agent, der als verschwunden galt - bis er, wie Bourne, unvermittelt mit gelöschtem Gedächtnis wieder auftaucht und beginnt, Fragen zu stellen. Das sorgt für Panik bei den Verantwortlichen innerhalb des CIA, denn Aaron Cross ist bekannt dafür, noch viel gefährlicher zu sein als Jason Bourne.