In einem japanischen Atomkraftwerk, in dem der amerikanische Ingenieur Joe Brody und seine Frau Sandra beschäftigt sind, kommt es zu einer Katastrophe. Noch Jahre später versucht Joe, der als einer der wenigen überlebt hat, die wahren Ursachen des Unglücks aufzuklären. Und seine Intuition gibt ihm Recht. Zusammen mit seinem Sohn Ford und dem Wissenschaftler Ichiro Serizawa findet er heraus, dass ein riesiges Monster für die Katastrophe von damals verantwortlich war. Und jetzt schlägt es wieder zu! Das Militär ist machtlos. Kann der sagenumwobene Godzilla helfen?

Die stumme Elisa ist während des Kalten Krieges in einem Hochsicherheitslabor der amerikanischen Regierung angestellt, wo sie einsam und isoliert ihrer Arbeit nachgeht. Doch als sie und ihre Kollegin und Freundin Zelda ein streng geheimes Experiment entdecken, das in dem Labor vorangetrieben wird, ändert sich Elisas Leben für immer. Sie freundet sich mit dem mysteriösen Fischwesen an, das dort in einem Tank gefangen gehalten wird. Ihre Gefühle für die Kreatur werden immer intensiver und zusammen mit ihrem Nachbarn Giles fasst sie schließlich den Entschluss, den Amphibienmann aus den Händen der Regierung zu befreien - allerdings steht die Liebe unter keinem guten Stern, denn nun wird das Paar gnadenlos vom Militär und dem Laborleiter Strickland gejagt, die das außergewöhnliche Geschöpf und seine heilenden Kräfte bei einem Kriegsausbruch gegen die Sowjets einsetzen wollen ...