In den USA greift die CIA nach den Anschlägen vom 11. September auf extreme Verhörtechniken zurück - als notwendig gerechtfertigt, sind sie in Wahrheit brutal, unmoralisch und ineffizient. Die CIA überschreitet dabei klar die Grenze zur Folter, um den Drahtziehern so um jeden Preis auf die Schliche zu kommen und weitere Anschläge zu verhindern, verliert dadurch jedoch ethische Fragen und fundamentale Grundsätze des Rechtsstaates vollkommen aus den Augen. Im Rahmen der Ermittlungen von Daniel Jones (Adam Driver) und Senatorin Dianne Feinstein (Annette Benning) sollen diese verurteilenswürdigen Methoden für die Bevölkerung ans Licht kommen, um sie so stoppen zu können. Doch noch bevor Jones und Feinstein irgendetwas von ihren Ergebnissen bekanntmachen können, legen die CIA und das Weiße Haus alles daran, ihre Arbeit zu erschweren und eine Veröffentlichung mit allen erdenklichen Mitteln zu verhindern...

Nachdem Jason Bourne in den vorangegangenen drei Teilen nicht nur sein Gedächtnis, sondern auch seine Freundin verloren hat und einen eigenen Feldzug gegen die ihn jagende CIA antrat, um endlich hinter das Geheimnis seiner Vergangenheit zu gelangen, ist er mithilfe von Nicki Parsons untergetaucht. Doch das Leben eines auf der Flucht lebenden Agenten mit besonders modifizierten Fähigkeiten kann nie lange ruhig bleiben. Denn inzwischen weiß Jason Bourne zwar, wer er ist, aber nicht, was diejenigen, die ihn erschaffen hatten, mit ihm vorhatten. Also versucht er - verfolgt von der CIA - die versteckten Wahrheiten in seiner Vergangenheit zu finden.