Ein Aufklärungsteam der Black Ops wird beauftragt, den Absturz eines nicht identifizierten Flugzeugs zu untersuchen. Als sie ankommen, finden sie merkwürdige Markierungen und Rückstände, die nur im Infrarot sichtbar sind. Als das Team tiefer eindringt und versucht, die Quelle der Markierungen herauszufinden, entdecken sie, dass sie von einer außerirdischen Expedition gejagt werden.

Der Befehlshaber der US-Marine Admiral King (Michael Madsen) schickt ein Atom-U-Boot in den Pazifischen Ozean, wo es helfen soll, ein russisches U-Boot zu bergen, das dort aus ungeklärtem Grund gesunken ist. Doch am Unfallort angekommen, zeigen sich die Russen nur wenig kooperativ und allen ist schnell klar, dass verborgen werden soll, was sie an diesem entlegenen Ort im Pazifik gemacht haben. Es stellt sich heraus, dass sie versucht haben, ein geheimes Unterwasserkabel der Alliierten anzuzapfen, über das streng geheime Informationen ausgetauscht werden. Jedoch haben die Bohrarbeiten am Meeresgrund einen riesigen Urzeithai, den Megalodon, wiedererweckt, der nun die Jagd auf die Militärs eröffnet. Und nach tausenden Jahren ist sein Hunger gigantisch