FBI-Agentin Monica Bannan wurde entführt, möglicherweise sogar getötet. Ihre Kollegin Dakota Whitney stößt bei den Ermittlungen auf Probleme. Pater Joseph Crissman, dem ein Ruf als Pädophiler anhaftet, bietet eine heiße Spur, spricht aber von geheimnisvollen Visionen - die Bundesbehörden werden misstrauisch. Obwohl ihr Partner Mosley Drummy dagegen ist, greift Whitney zu einem letzten Strohhalm und versucht über Ex-Agentin Dana Scully, mittlerweile in einem Krankenhaus beschäftigt, Fox Mulder zu erreichen. Der Spezialist für Übersinnliches ist sechs Jahre nach seinem unglücklichen Ausscheiden beim FBI untergetaucht. Er zögert kurz, willigt schließlich aber ein und gewinnt schnell das Vertrauen von Pater Crissman. Dann verschwindet eine zweite Frau ...

Als ein US-Satellit nahe einer Kleinstadt in Utah abstürzt, beginnt ein dunkles Zeitalter für die Menschheit. Ein außerirdisches Virus infiziert in Windeseile Menschen und Tiere - erst bringt es Wahnsinn, bald danach den Tod. Wenn es einer Gruppe von eilig zusammengerufenen Wissenschaftlern nicht schnellstens gelingt, dieses "Andromeda"-Virus und seine zahllosen Mutationen unschädlich zu machen, wird es die Menschheit binnen weniger Wochen ausrotten. Bei ihrer hektischen Suche nach einem Gegenmittel stoßen die Mediziner auf beunruhigenden Hinweise, dass Außerirdische mit dem heimtückischen Krankheitserreger die Erde erobern wollen...