Bobby Bishop, ein enger Vertrauter des US-Präsidenten, kommt eines Tages durch Zufall einer groß angelegten Verschwörung auf die Schliche. Erste Spuren führen in allerhöchste Regierungskreise. Kurz darauf wird Bishop zum Spielball eines Gegners, der über sämtliche Instrumente der Macht zu verfügen scheint. Trotzdem setzt er gemeinsam mit der Journalistin Amanda Givens, seiner einzigen Vertrauten, alles daran, die Drahtzieher des Komplotts zu entlarven und den Präsidenten vor dem drohenden Attentat zu schützen.

In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully - nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt - versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation "Das Syndikat" die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran...