Doom: Die Vernichtung folgt einer Gruppe von Raummarines, die auf einen Notruf von einer Basis auf einem Marsmond reagieren, nur um zu entdecken, dass sie von dämonischen Kreaturen überrannt wurde, die drohen, die Hölle auf der Erde zu erschaffen.

Eine Razzia der D.E.A. und S.W.A.T. Teams endet in einer Schießerei. Der S.W.A.T. Agent Travis Hall nimmt dabei einen rätselhaften Gefangenen fest. Kurz danach befindet sich das S.W.A.T Gelände unter Beschuss von massenhaft Angriffskommandos, die alle nur ein Ziel haben: den Gefangenen befreien, der wegen seiner Tätowierung auf seinem Rücken auch als "der Skorpion" bekannt ist. Als Travis herausfindet, dass sein Gefangener ein Black Ops-Soldat ist und die Fähigkeiten von CIA und FBI hat, liegt es in Travis´ Hand und dem S.W.A.T.-Team, The Scorpion und sein Milliarden Dollar-Geheimnis zu bewahren.