Raizo ist einer der gefährlichsten Auftragskiller der Welt - seit ihn der Ozuno-Clan als Kind aus der Gosse geholt und zu einer perfekten Tötungsmaschine ausgebildet hat. Aber als die Geheimorganisation, die viele bloß für einen Mythos halten, seine Freundin brutal hinrichtet, bricht Raizo mit dem Clan ... und verschwindet. Nun bereitet er seine gnadenlose Rache vor und wartet.

Nachdem sie ihren größten Feind Shredder in die Schranken gewiesen haben, leben sich die vier Ninja-Turtles zunehmend auseinander. Als der Großindustrielle Max Winters damit beginnt, eine Armee von Monstern um sich zu scharen, muss Meister Splinter seine Schützlinge Donatello, Raphael, Michelangelo und Leonardo wieder vereinen, um nicht nur New York, sondern die ganze Welt zu retten.